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拍基因組檢測膠的儀器叫什麼

發布時間:2022-11-07 10:31:59

1. 凝膠成像儀是做什麼用的

做凝膠用的,用在DNA 蛋白的檢測分子生物學方面,在操作凝膠成像儀之前,應完成凝膠的基因擴增(PCR儀)-電泳(電泳系統)-然後上凝膠成像儀上觀察分析、數據處理

2. 【轉載】三代基因組測序技術原理簡介

摘要: 從1977年第一代DNA測序技術(Sanger法)[1] 發展至今三十多年時間,測序技術已取得了相當大的發展,從第一代到第三代乃至第四代,測序讀長從長到短,再從短到長。雖然就當前形勢看來第二代短讀長測序技術在全球測序市場上仍然佔有著絕對的優勢位置,但第三和第四代測序技術也已在這一兩年的時間中快速發展著。測序技術的每一次變革,也都對基因組研究,疾病醫療研究,葯物研發,育種等領域產生巨大的推動作用。在這里我主要對當前的測序技術以及它們的測序原理做一個簡單的小結。

生命體遺傳信息的快速獲得對於生命科學的研究有著十分重要的意義。以上圖1(右鍵打開圖片可查看大圖,下同)所描述的是自沃森和克里克在1953年建立DNA雙螺旋結構以來,整個測序技術的發展歷程。

第一代測序技術

第一代DNA測序技術用的是1975年由桑格(Sanger)和考爾森(Coulson)開創的鏈終止法或者是1976-1977年由馬克西姆(Maxam)和吉爾伯特(Gilbert)發明的化學法(鏈降解). 並在1977年,桑格測定了第一個基因組序列,是噬菌體X174的,全長5375個鹼基[1]。自此,人類獲得了窺探生命遺傳差異本質的能力,並以此為開端步入基因組學時代。研究人員在Sanger法的多年實踐之中不斷對其進行改進。在2001年,完成的首個人類基因組圖譜就是以改進了的Sanger法為其測序基礎,Sanger法核心原理是:由於ddNTP的2』和3』都不含羥基,其在DNA的合成過程中不能形成磷酸二酯鍵,因此可以用來中斷DNA合成反應,在4個DNA合成反應體系中分別加入一定比例帶有放射性同位素標記的ddNTP(分為:ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP),通過凝膠電泳和放射自顯影後可以根據電泳帶的位置確定待測分子的DNA序列(圖2)。這個 網址 為sanger測序法製作了一個小短片,形象而生動。

值得注意的是,就在測序技術起步發展的這一時期中,除了Sanger法之外還出現了一些其他的測序技術,如焦磷酸測序法、鏈接酶法等。其中,焦磷酸測序法是後來Roche公司454技術所使用的測序方法2–4,而連接酶測序法是後來ABI公司SOLID技術使用的測序方法2,4,但他們的共同核心手段都是利用了Sanger1中的可中斷DNA合成反應的dNTP。

第二代測序技術

總的說來,第一代測序技術的主要特點是測序讀長可達1000bp,准確性高達99.999%,但其測序成本高,通量低等方面的缺點,嚴重影響了其真正大規模的應用。因而第一代測序技術並不是最理想的測序方法。經過不斷的技術開發和改進,以Roche公司的454技術、illumina公司的Solexa,Hiseq技術和ABI公司的Solid技術為標記的第二代測序技術誕生了。第二代測序技術大大降低了測序成本的同時,還大幅提高了測序速度,並且保持了高准確性,以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,而使用二代測序技術則僅僅需要1周,但在序列讀長方面比起第一代測序技術則要短很多。表1和圖3對第一代和第二代測序技術各自的特點以及測序成本作了一個簡單的比較5,以下我將對這三種主要的第二代測序技術的主要原理和特點作一個簡單的介紹。

Illumine

Illumina公司的Solexa和Hiseq應該說是目前全球使用量最大的第二代測序機器,這兩個系列的技術核心原理是相同的2,4。這兩個系列的機器採用的都是邊合成邊測序的方法,它的測序過程主要分為以下4步,如圖4.

​ (1)DNA待測文庫構建

利用超聲波把待測的DNA樣本打斷成小片段,目前除了組裝之外和一些其他的特殊要求之外,主要是打斷成200-500bp長的序列片段,並在這些小片段的兩端添加上不同的接頭,構建出單鏈DNA文庫。

​ (2)Flowcell

Flowcell是用於吸附流動DNA片段的槽道,當文庫建好後,這些文庫中的DNA在通過flowcell的時候會隨機附著在flowcell表面的channel上。每個Flowcell有8個channel,每個channel的表面都附有很多接頭,這些接頭能和建庫過程中加在DNA片段兩端的接頭相互配對(這就是為什麼flowcell能吸附建庫後的DNA的原因),並能支持DNA在其表面進行橋式PCR的擴增。

​ (3)橋式PCR擴增與變性

橋式PCR以Flowcell表面所固定的接頭為模板,進行橋形擴增,如圖4.a所示。經過不斷的擴增和變性循環,最終每個DNA片段都將在各自的位置上集中成束,每一個束都含有單個DNA模板的很多分拷貝,進行這一過程的目的在於實現將鹼基的信號強度放大,以達到測序所需的信號要求。

(4)測序

測序方法採用邊合成邊測序的方法。向反應體系中同時添加DNA聚合酶、接頭引物和帶有鹼基特異熒游標記的4中dNTP(如同Sanger測序法)。這些dNTP的3』-OH被化學方法所保護,因而每次只能添加一個dNTP。在dNTP被添加到合成鏈上後,所有未使用的游離dNTP和DNA聚合酶會被洗脫掉。接著,再加入激發熒光所需的緩沖液,用激光激發熒光信號,並有光學設備完成熒光信號的記錄,最後利用計算機分析將光學信號轉化為測序鹼基。這樣熒光信號記錄完成後,再加入化學試劑淬滅熒光信號並去除dNTP 3』-OH保護基團,以便能進行下一輪的測序反應。Illumina的這種測序技術每次只添加一個dNTP的特點能夠很好的地解決同聚物長度的准確測量問題,它的主要測序錯誤來源是鹼基的替換,目前它的測序錯誤率在1%-1.5%之間,測序周期以人類基因組重測序為例,30x測序深度大約為1周。

Roche 454

Roche 454測序系統是第一個商業化運營二代測序技術的平台。它的主要測序原理是(圖5 abc)2:

(1)DNA文庫制備

454測序系統的文件構建方式和illumina的不同,它是利用噴霧法將待測DNA打斷成300-800bp長的小片段,並在片段兩端加上不同的接頭,或將待測DNA變性後用雜交引物進行PCR擴增,連接載體,構建單鏈DNA文庫(圖5a)。

(2)Emulsion PCR (乳液PCR,其實是一個注水到油的獨特過程)

454當然DNA擴增過程也和illumina的截然不同,它將這些單鏈DNA結合在水油包被的直徑約28um的磁珠上,並在其上面孵育、退火。

乳液PCR最大的特點是可以形成數目龐大的獨立反應空間以進行DNA擴增。其關鍵技術是「注水到油」(水包油),基本過程是在PCR反應前,將包含PCR所有反應成分的水溶液注入到高速旋轉的礦物油表面,水溶液瞬間形成無數個被礦物油包裹的小水滴。這些小水滴就構成了獨立的PCR反應空間。理想狀態下,每個小水滴只含一個DNA模板和一個磁珠。

這些被小水滴包被的磁珠表面含有與接頭互補的DNA序列,因此這些單鏈DNA序列能夠特異地結合在磁珠上。同時孵育體系中含有PCR反應試劑,所以保證了每個與磁珠結合的小片段都能獨立進行PCR擴增,並且擴增產物仍可以結合到磁珠上。當反應完成後,可以破壞孵育體系並將帶有DNA的磁珠富集下來。進過擴增,每個小片段都將被擴增約100萬倍,從而達到下一步測序所要求的DNA量。

(3)焦磷酸測序

測序前需要先用一種聚合酶和單鏈結合蛋白處理帶有DNA的磁珠,接著將磁珠放在一種PTP平板上。這種平板上特製有許多直徑約為44um的小孔,每個小孔僅能容納一個磁珠,通過這種方法來固定每個磁珠的位置,以便檢測接下來的測序反應過程。

測序方法採用焦磷酸測序法,將一種比PTP板上小孔直徑更小的磁珠放入小孔中,啟動測序反應。測序反應以磁珠上大量擴增出的單鏈DNA為模板,每次反應加入一種dNTP進行合成反應。如果dNTP能與待測序列配對,則會在合成後釋放焦磷酸基團。釋放的焦磷酸基團會與反應體系中的ATP硫酸化學酶反應生成ATP。生成的ATP和熒光素酶共同氧化使測序反應中的熒光素分子並發出熒光,同時由PTP板另一側的CCD照相機記錄,最後通過計算機進行光信號處理而獲得最終的測序結果。由於每一種dNTP在反應中產生的熒光顏色不同,因此可以根據熒光的顏色來判斷被測分子的序列。反應結束後,游離的dNTP會在雙磷酸酶的作用下降解ATP,從而導致熒光淬滅,以便使測序反應進入下一個循環。由於454測序技術中,每個測序反應都在PTP板上獨立的小孔中進行,因而能大大降低相互間的干擾和測序偏差。454技術最大的優勢在於其能獲得較長的測序讀長,當前454技術的平均讀長可達400bp,並且454技術和illumina的Solexa和Hiseq技術不同,它最主要的一個缺點是無法准確測量同聚物的長度,如當序列中存在類似於PolyA的情況時,測序反應會一次加入多個T,而所加入的T的個數只能通過熒光強度推測獲得,這就有可能導致結果不準確。也正是由於這一原因,454技術會在測序過程中引入插入和缺失的測序錯誤。

Solid技術

Solid測序技術是ABI公司於2007年開始投入用於商業測序應用的儀器。它基於連接酶法,即利用DNA連接酶在連接過程之中測序(圖6)2,4。它的原理是:

(1)DNA文庫構建

片段打斷並在片段兩端加上測序接頭,連接載體,構建單鏈DNA文庫。

(2)Emulsion PCR

Solid的PCR過程也和454的方法類似,同樣採用小水滴emulsion PCR,但這些微珠比起454系統來說則要小得多,只有1um。在擴增的同時對擴增產物的3』端進行修飾,這是為下一步的測序過程作的准備。3』修飾的微珠會被沉積在一塊玻片上。在微珠上樣的過程中,沉積小室將每張玻片分成1個、4個或8個測序區域(圖6-a)。Solid系統最大的優點就是每張玻片能容納比454更高密度的微珠,在同一系統中輕松實現更高的通量。

(3)連接酶測序

這一步是Solid測序的獨特之處。它並沒有採用以前測序時所常用的DNA聚合酶,而是採用了連接酶。Solid連接反應的底物是8鹼基單鏈熒光探針混合物,這里將其簡單表示為:3』-XXnnnzzz-5』。連接反應中,這些探針按照鹼基互補規則與單鏈DNA模板鏈配對。探針的5』末端分別標記了CY5、Texas Red、CY3、6-FAM這4種顏色的熒光染料(圖6-a)。這個8鹼基單鏈熒光探針中,第1和第2位鹼基(XX)上的鹼基是確定的,並根據種類的不同在6-8位(zzz)上加上了不同的熒游標記。這是Solid的獨特測序法,兩個鹼基確定一個熒光信號,相當於一次能決定兩個鹼基。這種測序方法也稱之為兩鹼基測序法。當熒光探針能夠與DNA模板鏈配對而連接上時,就會發出代表第1,2位鹼基的熒光信號,圖6-a和圖6-b中的比色版所表示的是第1,2位鹼基的不同組合與熒光顏色的關系。在記錄下熒光信號後,通過化學方法在第5和第6位鹼基之間進行切割,這樣就能移除熒光信號,以便進行下一個位置的測序。不過值得注意的是,通過這種測序方法,每次測序的位置都相差5位。即第一次是第1、2位,第二次是第6、7位……在測到末尾後,要將新合成的鏈變性,洗脫。接著用引物n-1進行第二輪測序。引物n-1與引物n的區別是,二者在與接頭配對的位置上相差一個鹼基(圖6-a. 8)。也即是,通過引物n-1在引物n的基礎上將測序位置往3』端移動一個鹼基位置,因而就能測定第0、1位和第5、6位……第二輪測序完成,依此類推,直至第五輪測序,最終可以完成所有位置的鹼基測序,並且每個位置的鹼基均被檢測了兩次。該技術的讀長在2×50bp,後續序列拼接同樣比較復雜。由於雙次檢測,這一技術的原始測序准確性高達99.94%,而15x覆蓋率時的准確性更是達到了99.999%,應該說是目前第二代測序技術中准確性最高的了。但在熒光解碼階段,鑒於其是雙鹼基確定一個熒光信號,因而一旦發生錯誤就容易產生連鎖的解碼錯誤。

第三代測序技術

測序技術在近兩三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies納米孔單分子測序技術,被稱之為第三代測序技術。與前兩代相比,他們最大的特點就是單分子測序,測序過程無需進行PCR擴增。

其中PacBio SMRT技術其實也應用了邊合成邊測序的思想5,並以SMRT晶元為測序載體。基本原理是: DNA聚合酶和模板結合,4色熒游標記 4 種鹼基(即是dNTP),在鹼基配對階段,不同鹼基的加入,會發出不同光,根據光的波長與峰值可判斷進入的鹼基類型。同時這個 DNA 聚合酶是實現超長讀長的關鍵之一,讀長主要跟酶的活性保持有關,它主要受激光對其造成的損傷所影響。PacBio SMRT技術的一個關鍵是怎樣將反應信號與周圍游離鹼基的強大熒光背景區別出來。他們利用的是ZMW(零模波導孔)原理:如同微波爐壁上可看到的很多密集小孔。小孔直徑有考究,如果直徑大於微波波長,能量就會在衍射效應的作用下穿透面板而泄露出來,從而與周圍小孔相互干擾。如果孔徑小於波長,能量不會輻射到周圍,而是保持直線狀態(光衍射的原理),從而可起保護作用。同理,在一個反應管(SMRTCell:單分子實時反應孔)中有許多這樣的圓形納米小孔, 即 ZMW(零模波導孔),外徑 100多納米,比檢測激光波長小(數百納米),激光從底部打上去後不能穿透小孔進入上方溶液區,能量被限制在一個小范圍(體積20X 10-21 L)里,正好足夠覆蓋需要檢測的部分,使得信號僅來自這個小反應區域,孔外過多游離核苷酸單體依然留在黑暗中,從而實現將背景降到最低。另外,可以通過檢測相鄰兩個鹼基之間的測序時間,來檢測一些鹼基修飾情況,既如果鹼基存在修飾,則通過聚合酶時的速度會減慢,相鄰兩峰之間的距離增大,可以通過這個來之間檢測甲基化等信息(圖7)。SMRT技術的測序速度很快,每秒約10個dNTP。但是,同時其測序錯誤率比較高(這幾乎是目前單分子測序技術的通病),達到15%,但好在它的出錯是隨機的,並不會像第二代測序技術那樣存在測序錯誤的偏向,因而可以通過多次測序來進行有效的糾錯。

Oxford Nanopore Technologies公司所開發的納米單分子測序技術與以往的測序技術皆不同,它是基於電信號而不是光信號的測序技術5。該技術的關鍵之一是,他們設計了一種特殊的納米孔,孔內共價結合有分子接頭。當DNA鹼基通過納米孔時,它們使電荷發生變化,從而短暫地影響流過納米孔的電流強度(每種鹼基所影響的電流變化幅度是不同的),靈敏的電子設備檢測到這些變化從而鑒定所通過的鹼基(圖8)。

該公司在去年基因組生物學技術進展年會(AGBT)上推出第一款商業化的納米孔測序儀,引起了科學界的極大關注。納米孔測序(和其他第三代測序技術)有望解決目前測序平台的不足,納米孔測序的主要特點是:讀長很長,大約在幾十kb,甚至100 kb;錯誤率目前介於1%至4%,且是隨機錯誤,而不是聚集在讀取的兩端;數據可實時讀取;通量很高(30x人類基因組有望在一天內完成);起始DNA在測序過程中不被破壞;以及樣品制備簡單又便宜。理論上,它也能直接測序RNA。

納米孔單分子測序計算還有另一大特點,它能夠直接讀取出甲基化的胞嘧啶,而不必像傳統方法那樣對基因組進行bisulfite處理。這對於在基因組水平直接研究表觀遺傳相關現象有極大的幫助。並且改方法的測序准確性可達99.8%,而且一旦發現測序錯誤也能較容易地進行糾正。但目前似乎還沒有應用該技術的相關報道。

其他測序技術

目前還有一種基於半導體晶元的新一代革命性測序技術——Ion Torrent6。該技術使用了一種布滿小孔的高密度半導體晶元, 一個小孔就是一個測序反應池。當DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA鏈上時,會釋放出一個氫離子,反應池中的PH發生改變,位於池下的離子感受器感受到H+離子信號,H+離子信號再直接轉化為數字信號,從而讀出DNA序列(圖9)。這一技術的發明人同時也是454測序技術的發明人之一——Jonathan Rothberg,它的文庫和樣本制備跟454技術很像,甚至可以說就是454的翻版,只是測序過程中不是通過檢測焦磷酸熒光顯色,而是通過檢測H+信號的變化來獲得序列鹼基信息。Ion Torrent相比於其他測序技術來說,不需要昂貴的物理成像等設備,因此,成本相對來說會低,體積也會比較小,同時操作也要更為簡單,速度也相當快速,除了2天文庫製作時間,整個上機測序可在2-3.5小時內完成,不過整個晶元的通量並不高,目前是10G左右,但非常適合小基因組和外顯子驗證的測序。

小結

以上,對各代測序技術的原理做了簡要的闡述,這三代測序技術的特點比較匯總在以下表1和表2中。其中測序成本,讀長和通量是評估該測序技術先進與否的三個重要指標。第一代和第二代測序技術除了通量和成本上的差異之外,其測序核心原理(除Solid是邊連接邊測序之外)都是基於邊合成邊測序的思想。第二代測序技術的優點是成本較之一代大大下降,通量大大提升,但缺點是所引入PCR過程會在一定程度上增加測序的錯誤率,並且具有系統偏向性,同時讀長也比較短。第三代測序技術是為了解決第二代所存在的缺點而開發的,它的根本特點是單分子測序,不需要任何PCR的過程,這是為了能有效避免因PCR偏向性而導致的系統錯誤,同時提高讀長,並要保持二代技術的高通量,低成本的優點。

表1:測序技術的比較

表2:主流測序機器的成本測序比較

以下圖10展示了當前全球測序儀的分布情況。圖中的幾個熱點區主要分布在中國的深圳(主要是華大),南歐,西歐和美國。

參考文獻

原文鏈接: http://www.huangshujia.me/2013/08/02/2013-08-02-An-Introction-of-NGS-Sequence.html

3. 請說明基因工程實驗操作中主要使用的儀器及其使用方法

凝膠成像儀基本使用說明
1 打開凝膠成像儀電源(機器後部),開電腦;
2 將染色後凝膠用水沖洗後,將凝膠放在透射板正中,並關嚴暗倉門;
3 打開GeneSnap軟體,在軟體界面中點擊綠色按鈕,打開鏡頭,該按鈕會變成紅色,如凝膠在屏幕上未出現,可適當調節光圈(綠色按鈕下左一),使圖象到達合適亮度,調整圖象大小(綠色按鈕下中間)及清晰度(綠色按鈕下右一);
4 待圖象最優化時,點擊紅色按鈕使之變成綠色,成像保留在屏幕上,點擊「Save」保存為.Sgd格式文件,用於使用「Gene Tools」軟體分析;或點擊「Save As」,在下拉菜單中 選取合適的圖象類型後,生成該類型的圖形文件,如「.jpg; .bmp; .gif」等;
5 關閉軟體(如未保存圖象此時會提示);
6 打開暗倉門,拉出透射台,凝膠用PE手套包住後丟棄,並沖洗透射板;
7 關上暗倉門,並關閉電源。
注意:
1 開關倉門時防止將EB沾在倉門蓋上,如不慎沾上EB,擦乾後用水沖洗;
2 不推薦使用自動曝光;
3 透射板紫外燈壽命有限,調整圖象後及時成像;
4 凝膠應及時清理,防止凝膠固化後貼附在透射板上,造成成像不清晰;
5 如需對垂直電泳凝膠成像,需在透射台上加裝白光透射板,並調整「Transilluminator」為「Lower light」,其他操作相同;
6 請勿用該電腦處理文檔等,如需拷貝圖片,請將移動盤格式化後再插入。

穩壓穩流電泳儀使用方法
1、使用時,先接好輸入電源線,然後連接電泳槽,選擇需要的穩定方式(穩壓或穩流),和合適的電壓電流開關檔位,再開啟電源開關,調節電位器旋鈕,使輸出電壓或電流達到設定值即可。
2、為保證電泳實驗的安全,本機設有限流和短路雙重保護裝置。在穩壓檔,當負載(電泳槽)電阻緩慢變小,使電流不斷增大時,限流保護使輸出電流不超過 120mA。限流保護起作用時,輸出電壓自然降低,不再穩壓,以滿足歐姆定律:電流=電壓/電阻。
3、當輸出端不慎短路,或負載電阻突然減小以致輸出大大超過100mA時,短路保護裝置立即切斷輸出,同時面板上的紅色發光管亮,指示曾發生過短路故障。此時關閉電源開關,排除短路故障,再重新開啟電源開關,即能恢復工作。
於穩流檔使用時,輸出禁止開路(即不接電泳槽)。
電泳儀使用時應放置通風乾燥處。

恆溫金屬浴(CHB-100)操作卡
開機前檢查:
電源線插頭已經可靠插入電源插座中,電源線接地可靠。
溫度設置:
1、打開電源開關,所有的指示燈和數碼管都亮。大約5秒後即時溫度顯示窗(PV)顯示的數字為金屬模塊的即時溫度,設置溫度顯示窗(SV)顯示的數字為上一次使用的設置溫度。
2、按壓(設置/SET)鍵一次,此時設置溫度顯示窗(SV)最左邊數字閃爍,用上下鍵可更改閃爍數字到所需數值。
3、再按壓(設置/SET)鍵一次,閃爍數字右移一位,用上下鍵更改閃爍數字直至所需數值。
4、再按壓(設置/SET)鍵一次,閃爍數字右移一位,同樣用上下鍵更改閃爍數字直至所需數值,完成溫度的設置工作。或再次按壓(設置/SET)鍵又從左邊重新開始設置。
5、溫度設置完成後8秒,數字閃爍現象消失,表示本機系統進入運行狀態,並按照當前設定的溫度值運轉。
超聲波細胞粉碎儀操作步驟及使用說明
超聲波細胞粉碎儀操作步驟:
1、打開超聲波細胞粉碎儀的電源開關,指示燈亮。
2、按「設定」鍵,顯示窗1(工作/間歇)顯示「-1」,進入間隔時間設定狀態,此時顯示窗3 (溫度)顯示的是原始數據或「--」,按置數鍵設定間隔時間(建議1秒)。
3、按功能鍵,顯示窗1顯示「-2」,進入超聲時間設定狀態,按置數鍵設定超聲時間(最好5秒以下,建議1秒)。
4、按功能鍵,顯示窗1顯示「-3」,進入全程時間設定狀態,按置數鍵設定全程時間(此時時間單位為分)。
5、按功能鍵,顯示窗1顯示「-4」,進入溫度保護設定狀態,按置數鍵設定保護溫度(0-40℃)。
6、按設定鍵結束設定並按「復位」鍵復位,按啟動/暫停鍵開始超聲粉碎,全程時間到後顯示顯示窗閃爍跳動並自動報警停止工作。
7、如需重復上述實驗,先按超聲波細胞粉碎儀的清零再按啟動鍵。如工作中需要暫停,再次按啟動/暫停鍵。
離心機使用說明書 使用說明:
1、本機採用三眼安全插座,使用前應接妥地線,工作時,應將本機放置在平整而堅固的檯面上。
2、首先查看定時器旋鈕,應在「0」位置,然後接通電源,開電源開關,指示燈亮。
3、具體操作必須按如下步驟:
a、打開蓋板,小心地將試樣放置於離心護管內。注意:對稱的離心護管內必須放入同樣重量的試樣,其重量偏差不大於1克。
b合上蓋板,調節速度至所需值。
c將定時器旋至所需的時間值(「ON」 為常閉位置),定時器一離於「0」位置,轉盤即開始旋轉,離心機工作。
d工作一定時間後,定時器回復到「0」位置,轉盤停止旋轉,離心機停止工作。本機使用完畢後,關閉開關,將本機置於乾燥、通風陰涼處,並保持其清潔

PCR儀使用說明書
步驟:
1、開機:打開開關,視窗上顯示「SELF TEST」,顯示10秒中後,顯示RUN-ENTER菜單:「-RUN ENTER PROGRAM PROGRAM 」准備執行程序。
2、放入樣本管,關緊蓋子。
3、如果要運行已經編好的程序,則直接按《Proceed》,用箭頭鍵選擇已儲存的程序,按《Proceed》,則屏幕顯示:「-ENABLE DISABLE HEATED LID」 按《Proceed》選擇ENABLE,則開始執行程序。
4、如果要輸入新的程序,則在RUN-ENTER菜單上用箭頭鍵選擇ENTER PROGRAM,按《Proceed》,屏幕顯示 「 -NEW LIST EDIT DELET」,按《Proceed》,1)選擇NEW,命名新的程序,最多8個字母,輸入後按《Proceed》確認。
2)輸入程序步驟:名字輸入後,顯示「 STEP1 _TEMP GOTO OPITON END」,按《Proceed》則可以輸入溫度(0~100℃),按《Proceed》確認後,則可以輸入孵育時間,用《Select》鍵移動游標,輸入數字,完成後按《Proceed》確認,跳到下一步,輸入方式同上。
3)選擇GOTO,輸入循環步驟時鏈接到第幾步(循環數最多可達9999次)(為實際循環數-1)。
4) 選擇option,顯示「STEP EXTENDI NCREMENT SLOPE 」再選擇increment,按《Proceed》確認,輸入初始的溫度,確認後輸入時間,按《Proceed》確認,然後輸入每個循環增加或減少的溫度,增加用正值,減少用負值(-0.1℃~6℃),按《Proceed》確認。選擇extend,按《Proceed》確認,輸入每個循環增加或減少的時間(-60~60秒),按《Proceed》確認。
選擇slop(指溫度上升或下降的速率),輸入溫度的改變值(-0.1~1.5℃)按《Proceed》確認,然後輸入加熱或致冷的速度,按《Proceed》確認。
4)選擇End,輸入結束步驟。
5、輸入完成的程序後,到RUN-ENTER菜單,選擇新程序,開始運行。
6、其它:用《pause》可以暫停一個運行的程序,再按一次繼續程序。用《stop》或《Cancel》可停止運行的程序。
製冰機使用說明書使用方法
1.取下外包裝,並從儲冰盒中取出隨機所附文件袋及進水管、排水管、冰勺、密封墊等附件.
2.將製冰機放置通風處,與牆保持不少於150mm的空間,遠離熱源,確保機器平穩放置。
3.將隨機所附的一根12的軟塑波紋排水管與機器背部的出水管7相接,另一埠置於積水盒(自配)或下水道口內。
4.將隨機所附的進水管一端連接到可飲用自來水供水管的帶3/4"螺紋接頭的水龍頭上,供水管的水壓1.5一3kg/cm2,另一端與製冰機背部的水閥螺紋接頭6相連,注意在連接時,進水管兩端均需放置密封墊(隨機配)。
5.擰開自來水龍頭,保證進水管水流暢通。
6.插上電源插頭,按下操作面板上的翹板開關,這時製冰機開始工作,製冰機從進水一製冰、脫冰、儲冰實行全自動連續製冰,如果儲冰箱內的冰量達到一定程度,操作面板2上的冰滿燈會亮,製冰機自動停機;當外部供水管(或純水給水系統)出現斷水或供水故障時,製冰機操作面板上缺水燈會亮,製冰機自動停機。 儀器還有好多 ,歡迎追問

4. 分子生物學技術平台要用到哪些儀器設備

SICOLAB整理的分子生物學技術平台常用設備有以下幾種:
(一)普通PCR儀
應用范圍:廣泛應用於分子生物學的各個領域.包括基因診斷、分離、克隆、核酸序列分析、突變體和重組體的構件和基因表達調控研究等,如Bio-RadS1000PCR儀。
(二)梯度PCR儀
應用范圍:用於梯度PCR實驗。在優化PCR條件時應用廣泛,可以做到同一批PCR擴增設置12個溫度梯度。
(三)熒光定量PCR儀
應用范圍:用於基因表達分析(熒光定量PCR)和基因突變(包括HRM技術)檢測。
(四)超微量紫外可見分光光度計
應用范圍:利用分光光度法對物質進行定量定性分析的儀器,主要用於檢測核酸包估dsDNA,ssDNA,RNA和純化後蛋白包括 BSA,IgG,lysozyme 等純度較高的蛋白。
(五)脈沖場凝膠電泳系統
應用范圍:廣泛應用於很多菌種的分子流行病學研究。能夠用於分析菌株之間的相天性,協助追蹤感染來源,在疫情控制方面可發揮重要的作用。
(六)核酸凝膠成像系統
應用范圍:用於電泳產物的成像分析,可對不同染料的電泳產物進行分析成像,同時具有泳道分析,DNA分子量計算、但一條待分析Dot-blot電泳分析、菌落計數等功能。列入Bio-RadEZ凝膠成像系統、ChemiDocXRS+凝膠成像系統、GeldocXR+凝膠成像系統等。
(七)全自動核酸提取胸
應用范圍:採用全自動磁性分離方法對樣本中病原體核酸進行分離、純化,可直接用手PCR檢測。
(八)羅氏 454 高通量測序平台
應用范圍:用於基因組deovo測序、轉錄組deovo測試、宏基因組測序、重測序等。

5. PCR實驗室的都需要什麼設備

PCR實驗室都需要的設備有很多,但是pcr外包的話,就不需要設備了啊

6. 檢測熒光素酶報告基因發出熒光的都有什麼儀器

luminex,
熒光分光光度儀,熒光凝膠成像儀,液閃儀
,熒光酶標儀,熒光顯微鏡
都很貴。推薦熒光酶標儀和熒光顯微鏡。
luminex是液體晶元測定,同時檢測30個目的蛋白,定量,靈敏。
熒光分光光度儀用途比較局限,不方便。
熒光凝膠成像儀的對象是凝膠
液閃儀和luminex很像,但是只能檢測一個蛋白或靶標
熒光酶標儀就是酶標儀,但是可以檢測熒光信號,同時可以測定至少96個樣品的單一靶標
熒光顯微鏡不能定量,但非常直觀,可以看到是那些細胞發光,以及發光的部位。而且可以同時看到1-3種熒光,價格比前者低些。

7. 磁珠法提取基因組DNA需用哪些儀器試劑

(a) 微量移液器,吸頭,磁架,磁槍,柱芯磁碟,1.5ml離心管(EP管),電泳槽,凝膠盒,60V直流電泳,紫外線燈箱,試管架,燒杯,6孔塑料點滴板。
(b) 細胞裂解液,磁珠懸液,洗滌液,洗脫液,電泳緩沖液母液,電泳指示液,熒光染料液。 河南惠爾納米科技生物DNA事業部

8. 什麼是生物分析儀器包括哪些儀器

生物儀器的范疇很大.要看你是哪個方向了.
比如說分子生物學.常用到的儀器有:樣品提取類:核酸抽提,離心機.
基因擴增類:PCR儀
檢測類:凝膠成像,電泳儀,酶標儀,分光光度計等等
然後還有操作台:生物安全櫃
還有一些輔助儀器:天平、PH計,滅菌器,移液器
還要樣品保存類:凍干機,超低溫冰箱
還有一些組織培養類的:二氧化碳培養箱,厭氧培養箱等等

9. 人類基因組計劃 用了哪些測序儀

各國合作完成的基因組計劃,絕大多數是ABI377這種平板式凝膠測序儀完成的,少量是使用ABI3700這類毛細管自動測序儀完成。
私人公司做的那個基因組計劃主要是ABI3700。

10. 基因探針的探針標記

探針是能與特異靶分子反應並帶有供反應後檢測的合適標記物的分子。利用核苷酸鹼基順序互補的原理,用特異的基因探針即識別特異鹼基序列的有標記的一段單鏈DNA(或RNA)分子,與被測定的靶序列互補,以檢測被測靶序列的技術叫核酸探針技術。探針制備就是將目的基因進行標記。特異性探針有三種形式——cDNA、RNA、寡核苷酸。cDNA和寡核苷酸是目前最常採用的探針。RNA探針用途很廣,也容易獲得,但其不穩定性限制了其商業用途。cDNA探針的獲得是,將特定的基因片段裝載到質粒或噬菌體中,經過擴增、酶切、純化等復雜的步驟,才能得到一定長度的cDNA探針。這一過程比較復雜,有相應條件的實驗室才能做到。寡核苷酸探針是在已知基因序列的情況下,由核酸合成儀來完成,可廉價獲得大量的此類探針。質量也相對來說更為穩定。由於cDNA探針長度通常為數百至數千個鹼基,所以有良好的信號放大作用,但其滲透性比較差。寡核苷酸探針一般為十數個至數十個鹼基,滲透性強,但信號放大作用則較差,合成的多相寡核苷酸探針,敏感性可以達到cDNA探針水平。
探針的標記方式有放射性標記和非放射性標記。標記物質有放射性元素(如32P等)和非放射性物質(如生物素、地高辛等)。32P是最常用的核苷酸標記同位素,被標記的dNTP本身就帶有磷酸基團,便於標記。特點是比活性高,可達9000Ci/mmol;發射的β射線能量高。用它標記的探針自顯影時間短,靈敏度高。32P的半壽期短,雖使用不方便,但為廢棄物的處理減輕了壓力。非放射性標記法有酶標法和化學物標記法。酶標方法與免疫測定ELISA方法相似,只是被標記的核酸代替了被標記的抗體,事實上被標記的抗體也稱為探針,現有許多商品是生物素、地高辛標記的。血凝素與生物素有非常高的親和性,當血凝素標記上過氧化物酶或鹼性磷酸酶,經雜交反應最終形成探針-生物素-血凝素酶復合物(ABC法),酶催化底物顯色,觀察結果。ABC法底物顯色生成不溶物,以便觀測結果。酶標記法復雜、重復性差,成本高,但便於運輸、保存,靈敏度與放射物標記法相當。 ①缺口平移標記法。利用的是DNA聚合酶I能修復DNA鏈的功能。該法先由DNaseI在DNA雙鏈上隨機切出切口,然後DNA聚合酶I沿缺口水解5´端核苷酸,同時在3´端修復加入被標記核苷酸,切口平行推移。缺口平移法快速、簡便、成本相對較低、比活性相對較高、標記均勻,多用於大分子DNA標記,(>1000bp最好),但單鏈DNA、RNA不能用該法標記。
②隨機引物法。隨機引物是指含有各種可能排列順序的寡聚核苷酸片斷的混合物,因此它可以與任意核苷酸序列雜交,起到聚合酶反應的引物作用。將待標記的DNA探針片斷變性後與隨機引物一起雜交,然後以此雜交的寡聚核苷酸為引物,在大腸桿菌DNA聚合酶I大斷段(KlenowFragment)催化下,合成與探針DNA互補的DNA鏈,當在反應體系中含有a-32P-dNTP時,即形成放射性同位素標記的DNA探針。具有上述優點,可代替缺口平移法。此外大小、單雙DNA均可標記,標記均勻,標記率高,但也不能標記環狀DNA。隨機引物法標記探針一般長400~600bp。
③末端標記法(又叫尾標)。利用末端轉移酶可進行「尾標」,尾標適用於寡核苷酸探針標記,寡核苷酸探針多用於核酸「點」突變的檢測,該探針可用核酸合成儀人工合成,克隆出的探針一般較長,特異性好,標記量大,雜交的檢出信號強。 1、4—6微米切片,用防脫片膠(多聚賴氨酸)處理過的玻片貼附
2、56—60℃烤片2—16h
3、新鮮二甲苯脫蠟,10minX2(趁熱脫蠟)
4、100%乙醇5minX2次,不用浸水,直接空氣乾燥
5、加入50μl蛋白酶K工作液(蛋白酶K用蒸餾水稀釋,濃度為25μg/ml),37℃消化10—15min
6、棄去蛋白酶K工作液,0.1MTBS洗滌3minX3次逐級酒精脫水(85%,95%,100%酒精)1minX3次然後空氣乾燥
7、加入20μl探針,加蓋薄膜。(探針用預雜交液稀釋,濃度為5μg/ml)。
8、95℃變性10—12min;立刻置於冰塊上,防止復性。
9、37℃雜交16—20h
10、揭去薄膜,每張切片加入以下雜交後洗滌液:
>用2—3滴2XSSC37℃洗滌3minX2次;
>0.5XSSC37℃洗滌3minX2次;
>0.2XSSC37℃洗滌3minX2次;
11、0.1MPBS/TBS緩沖液洗滌,1minX3次
12、滴加小鼠抗地高辛生物素標記的抗體工作液,37℃孵育45—60min;
13、0.1MPBS浸洗,5minX3次
14、滴加高敏鹼性磷酸酶鏈親和素復合物工作液,37℃孵育45—60min。
15、0.1MPBS浸洗,5minX3次
16、滴加NBT/BCIP顯色6—16h,
17、雙蒸水終止反應(37℃10min—2h),雙蒸水浸洗,5minX2次
18、滴加核固紅,30秒—5min;
19、雙蒸水浸洗,5minX3次
20、脫水、透明、封片

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與拍基因組檢測膠的儀器叫什麼相關的資料

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