rna測序需要什麼儀器

Ⅰ RNA-seq的實驗流程

樣品提取總RNA後，對於真核生物，用帶有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA，對於原核生物，用試劑盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片斷成為短片段，再以片斷後的mRNA為模板，用六鹼基隨機引物(random hexamers)合成cDNA第一鏈，並加入緩沖液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二鏈，經過QiaQuick PCR試劑盒純化並加 EB緩沖液洗脫經末端修復、加鹼基A，加測序接頭，再經瓊脂糖凝膠電泳回收目的大小片段，並進行PCR擴增，從而完成整個文庫制備工作，構建好的文庫用Illumina HiSeq2000進行測序。

Ⅱ 分子生物學實驗室需要哪些儀器

請教高人：一個最小最小的、只作DNA提取和擴增的分子生物學實驗室需要什麼儀器？？？請列明儀器名稱、推薦型號和大概價格。

如果量很小的話，可以這樣
PCR儀一台 用作擴增
高速離心機一台（可達12000rpm即可）
電泳儀一台
可以跑PAGE和瓊脂糖的槽
紫外觀測儀器 看膠
超凈工作台，接菌用
大搖床 培養菌用
脫色搖床 如果需要染膠的話用
細菌培養箱 細菌生長需要恆溫
水浴鍋或電熱板 很有用，呵呵
然後就是移液器一套3-4支，槍頭1000ul、200ul、20ul若干
最好還有滅菌鍋，槍頭需要滅菌使用才准確。
還有可以-20度的冰箱，保存DNA，一般菌種保存也差不多，有條件可以上-70度冰箱。
電子精密天平 稱葯品，配培養基等
微波爐 用來制膠很方便的。
凝膠成像系統 掃膠用，可以將膠圖保存為圖像文件存檔。

暫時就想這么多，我們實驗室大致就這樣。價錢不清楚，可以找生物公司去要他們的單子，多要幾家的，選擇對比下再買。
祝你成功

Ⅲ 一代測序技術包括哪些

包括Sanger測序，STR親子鑒定、法醫鑒定，SnaPshot測序技術，實時熒光定量PCR。

上個世紀末90年代，與「曼哈頓原子彈計劃」和「阿波羅登月計劃」具有同樣劃時代意義的「人類基因組計劃」啟動，這是人類第一次在分子水平上全面地認識自我。隨著人類基因組計劃的開展，人們對基因與疾病的關系認識更加深入，有機會通過對基因缺陷的檢測分析來判斷各種疾病發生的風險，並由此衍生出一種新的健康服務項目—基因測序。
Sanger測序經過38年的發展已相當完善，成本也降低了10倍以上，現在國際上仍然是基因測序行業的金標准和主力軍。sanger測序是目前所有基因測序的國際金標准，是包括熒光定量PCRTaqman探針法、普通PCR法、晶元法、二代測序法、質譜法等方法的金標准。
2010年以來，出現了很多新一代測序儀產品，新一代測序成本低、數據大、速度快，但都有待成熟，准確度不夠高。
（一）、Sanger測序
被檢測的DNA鹼基順序依次讀出800bp以上，是一代所有測序和新一代所有測序的金標准。代表儀器美國ABI3730XL，Sanger測序一般醫院很少開展，開展的都發公司做。耗時長達 13年之久的人類基因組計劃也是依靠Sanger測序法才得以最終完成的。Sanger 測序是針對已知致病基因的突變位點設計引物，進行PCR 擴增直接測序。單個突變點的擴增（包括該位點在內的外顯子部分片段的擴增），不必將該點所在基因的全部外顯子都擴增。所以單基因或部分基因控制的疾病樣本檢測，Sanger 測序可以發揮精準和成本低的優勢。
（二）、STR親子鑒定、法醫鑒定
通過測定DNA片段的長度和顏色，來確定遺傳關系。是sanger測序技術基礎上，發展起來的一個技術，所用儀器與sanger測序所用儀器一樣，檢測原理一樣，一台設備裝兩套檢測軟體，一台儀器具有三個功能。代表儀器美國ABI 3130、3130XL、3730儀器，一般司法機構和sanger測序公司擁有該儀器，醫院沒有。
親子鑒定就是通過對DNA遺傳片段檢測，判定父母與子女之間的親緣關系。
（三）、SnaPshot測序技術
SNaPshot技術是美國應用生物公司（ABI）開發，是熒游標記單鹼基延伸的分型技術，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP突變分型項目檢測。通常用於10~30個SNP突變位點分析。是sanger測序技術基礎上，發展起來的一個技術，和sanger測序儀器一樣，檢測原理一樣，一台設備裝有兩套檢測軟體，一台儀器具有三個功能。代表儀器美國ABI3130、3130XL、3730儀器，一般sanger測序公司擁該有儀器。
優勢：1、分型准確，2、通量高，3、檢測速度快，4、不受SNP位點多態性特性限制，5、不受樣本個數限制。SNaPshot技術是新一代測序技術（包括二代測序和晶元測序）SNP突變檢測的金標准，sanger測序技術又是SNaPshot技術突變檢測的金標准。
（四）、實時熒光定量PCR
利用熒光信號積累實時監測整個PCR過程，最後通過標准曲線（或者與內參對照）對未知模板進行定量分析。代表儀器美國ABI 7500熒光定量PCR儀等，一般三甲醫院都有該類儀器，普及較好。使用方便維護簡單。1、突變尋找：定量PCR TaqMan探針雜交。2、基因定量：相對熒光定量PCR，醫學上用來檢測細菌或病毒RNA的表達量。熒光定量PCR是1996 年由美國ABI 公司推出的一種新定量實驗技術。
實時熒光定量PCR應用領域：臨床疾病診斷：各型肝炎、艾滋病、禽流感、結核、性病等傳染病診斷和療效評價，地中海貧血、血友病、性別發育異常、智力低下綜合症、胎兒畸形等優生優育檢測，腫瘤標志物及瘤基因測序，遺傳基因測序。

Ⅳ PCR實驗室主要儀器設備和耗材清單

PCR實驗室可分為樣品制備、核酸擴散、產物分析3大區域，每個區域所用的設備不同，下面就給大家詳細介紹一下PCR實驗室每個區域都需要什麼設備？

樣品制備區：

生物安全櫃 ：防止有害懸浮微粒、氣溶膠的擴散

樣本低溫冰箱：零下20攝氏度，-80℃ 保存樣本及DNA

高速台式冷凍離心機：收集微生物菌體、細胞碎片以及其他沉澱物。 有些樣品由於在常溫下不太穩定，需要低溫環境

水浴鍋或者金屬浴：用於DNA雜交過程中水浴控溫

移液器：准確量取特定體積溶液

紫外燈或者消毒車：空間環境消毒

混勻儀：移取樣本前需要混勻

超凈工作台：涉及對細菌的操作均需在超凈工作台下完成

低溫搖床：用於大腸桿菌和酵母菌的振盪培養

磁力攪拌器：加速溶解固體內容物

核酸擴散區：

基因擴增儀：基因檢測DNA/RNA擴增

熒光定量PCR儀：核酸定量分析

核酸提取儀：樣品DNA/RNA提取

移液器：准確量取特定體積溶液

紫外燈或者消毒車：空間環境消毒

超凈工作台：涉及對細菌的操作均需在超凈工作台下完成

純水裝置：用於PCR,DNA測序需要超純水

產物分析區：

電泳儀：水平電泳用於核酸DNA/RNA檢測，垂直電泳用於蛋白檢測，轉印電泳用於將蛋白轉移到膜上做weatern檢測

凝膠成像系統/紫外檢測儀：用於核酸瓊脂電泳和蛋白聚丙醯胺的觀察和拍照；紫外分析儀用於染色後核酸瓊脂電泳膠觀察，不能連接電腦

電爐：電泳瓊脂凝膠加熱融化

Ⅳ 常規轉錄組測序和數字基因表達譜測序（RNA-seq）有什麼不同初接觸，很多不懂。。

基本目的是類似的。不同之處在於測序的模板序列，前者是直接隨機測序cDNA庫，後者是先把模板按照一定方法打斷（例如酶切或其他），只從打斷位置開始測序，測序片段短，但相應深度更高。
如果你已經有參考基因組，使用所謂「表達譜」測序是可以的。此外，表達譜方法更便宜，但個人覺得適用性不如轉錄組廣泛，可做的分析有限。

Ⅵ RNA的測序原理及方法！^~^

DNA和RNA的測序方法

DNA或RNA鹼基序列測定方法，包括步驟：
1）將DNA或RNA單鏈固定於平面支持物上；
2）將一束激光聚焦於一條固定化的單鏈上；
3）通過加入含有（i）用於合成DNA互補鏈的腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、胸腺嘧啶四種核苷酸的混合物或用於合成RNA互補鏈的腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤、尿嘧啶四種核苷酸的混合物和（ii）一種聚合酶的溶液，用來產生上述被固定的、被聚焦的單鏈的DNA或RNA互補鏈，插入到互補鏈中的每一個被發游標記物標記了的核苷酸用單分子檢測器進行檢測，以及在下一個被發游標記物標記的核苷酸插入之前對前一個被發游標記物標記的核苷酸的發光信號進行檢測。

Ⅶ 病毒的RNA測序是怎麼測出來的

先提取病毒RNA，然後RNA反轉錄為雙鏈cDNA,後面就是常規高通量測序的流程了，加接頭建庫上機測序，就可以知道cDNA序列信息，最後反推為RNA序列，就得到病毒RNA序列信息

Ⅷ small RNA測序的詳細內容

Small RNA是一大類調控分子，幾乎存在於所有的生物體中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通過多種多樣的作用途徑，包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質形成以及DNA去除，來調控生物體的生長發育和疾病發生。Small RNA轉錄組測序是鑒定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。
Roche GS FLX Titanium 、Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4均可以對Small RNA進行大規模測序分析， Illumina Solexa GA IIx 和ABI Solid的讀長正好配合了small RNA的短序列且通量大，可以得到更高的覆蓋率， Illumina Solexa GA IIx在small RNA測序中廣泛應用。
通過對Small RNA大規模測序分析，可以從中獲得物種全基因組水平的Small RNA圖譜，實現包括新Small RNA分子的挖掘，其作用靶基因的預測和鑒定、樣品間差異表達分析、Small RNA聚類和表達譜分析等科學應用。
一、small RNA測序樣品要求
(1) 樣品純度要求： OD值應在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大於1.5。
(2) 樣品濃度： total RNA濃度不低於750 ng/μg；提取總RNA時請不要使用過柱法提取總RNA，樣品總量不低於40 μg (Small RNA: total RNA大於0.3%)。或提供濃度大於2 ng/μg，總量大於180 ng的Small RNA樣品。
(3) Small RNA樣品請置於-20℃保存；請提供Small RNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。如需進行多次樣品制備，需要提供多次樣品制備所需樣品。
(4) 樣品運輸：樣品請置於1.5 ml管中，管上註明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。建議使用乾冰運輸，並且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。
二、Small RNA分離的方法
現行的RNA純化方法包括有機溶劑抽提+乙醇沉澱，或者是採用更加方便快捷的硅膠膜離心柱的方法來純化RNA。由於硅膠膜離心柱通常只富集較大分子的RNA(200 nt以上)，Small RNA往往被淘汰掉，因而不適用於Small RNA的分離純化。有機溶劑抽提能夠較好的保留Small RNA，但是後繼的沉澱步驟比較費時費力。目前還有另外一些Small RNA分離專用的試劑盒。如MirVana miRNA Isolation Kit是採用玻璃纖維濾膜離心柱(glass fiber filter，GFF)，既能夠富集10 mer以上的RNA分子，又兼備離心柱快速離心純化的特點。
對於Small RNA測序，我們採用PAGE膠電泳對小RNA進行分離。客戶可以選擇他們感興趣的Small RNA長度進行研究。Small RNA的長度為18-30nt。我們推薦的測序長度為35bp，之後對序列信息進行修剪，去除接頭序列僅留下Small RNA序列。
三、Small RNA測序文庫的構建方法及質量控制
由於Solexa的讀長足夠滿足Small RNA測序的讀長要求，且數據讀取量大，性價比高，因此Solexa在Small RNA測序方面得到廣泛的應用。採用Solexa進行Small RNA測序其文庫構建方法如下：
(1) PAGE膠純化特定大小的小RNA分子；
(2) 5′接頭連接和純化；
(3) 3′接頭連接純化；
(4) RT-PCR擴增；
(5) Small RNA文庫的純化；
(6) 文庫的檢測。Small RNA文庫需要通過電泳檢測和Agilent Technoligies 2100 分析儀檢測以分析測序文庫中片段的大小、純度和濃度。
四、高通量測序研究sRNA 優勢
目前研究Small RNA的方法主要是通過實時定量PCR以及基因晶元技術，這些方法主要關注microRNA的表達和定量，並僅局限與研究那些序列信息或二級莖環結構信息已知的Small RNA，無法尋找和發現新的Small RNA分子。基於高通量測序技術的Small RNA測序技術突破了目前研究技術手段上的局限性，使研究人員能夠直接對樣本中的Small RNA進行高通量測序，其主要優勢有：
(1) 可以直接從核苷酸水平上研究Small RNA分子，不存在傳統晶元雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題，非常利於區分相同家族以及序列極為相似的不同Small RNA分子；
(2) 可以對任意物種進行高通量分析，無需任何預先的序列信息以及二級結構信息【中國測序論壇】；
(3) 靈敏度高，測序通量大，為Small RNA分子的發現和研究提供了極大的數據深度與覆蓋率，能夠檢測豐度極低的稀有轉錄；
(4) 測序產生的原始數據可以與多種分析軟體兼容，可以注釋Small RNA的基因組信息，並分析其表達水平，能夠隨時使用公用Small RNA資料庫注釋已知的Small RNA，還可以進一步分析未匹配的數據，發現新的Small RNA種類及異構體，尋找更深入的研究信息。
五、Small RNA測序的影響因素
(1) 客戶提供樣本的質量，進行Small RNA測序過程中，需要對Small RNA進行分離，分離Small RNA的質量和純度直接影響測序結果。由於RNA容易降解，因此RNA的抽提、純化等操作一定要嚴格按照實驗要求進行，以保證樣品的質量。
(2) 構建文庫的質量：文庫構建需要PAGE膠分離純化Small RNA，然後連接接頭進行純化後才能進行RT-PCR，在此過程中，要小心操作保證Small RNA無降解，同時純化過程要保證接頭去除干凈，殘余的接頭會對後續的測序產生影響。
(3) 測序文庫的上樣量控制：這個因素也會很大程度影響簇生成的密度，由於上樣量非常小，只有1-8 pg，所以能否准確定量微量樣品也成為影響測序通量的重要因素。