『壹』 DNA合成仪的使用方法操作步骤
以亚磷酰胺寡核苷酸合成为例介绍该类仪器的一般操作步骤。亚磷酰胺DNA合成的试剂有:保护碱基的5/—DMT,A、G、C、T亚磷酰胺单体,四唑偶联催化剂,乙酐,N—甲基咪唑封闭试剂,三氯乙酸(TCA)脱保护溶液,12氧化混合物,乙腈清洗溶剂,氨水切除溶液。使用步骤如下:
1)仔细检查合成仪上所有试剂瓶中的试剂量,必要时换掉试剂瓶,特别注意乙腈的量,因为该溶剂用量较大。
2)将标记好的清洁的收集瓶装在合成仪上。
3)将要合成的DNA序列输入合成仪。
4)检查选择的合成步骤是否正确。
5)选择结束方法:TritylOffAuto是仪器的原始状态,若打算以5,—DMT基团连接纯化寡核苷酸,将其转变为TritylOnAuto结束状态。
6)选择结束方法,一般为系统的原始状态。
7)在每个柱监视器的Username下,输入你所希望的保存名字。
8)以代码代蔽绝耐替相应的DNA序列标记每一个收集瓶。
9)打印出每一个柱设置的详细资料。
10)检查打印出来的资料是否正确。
11)运行StartColumn步骤检查每一个柱的位置,确保合成仪上合成柱处于正确的位置。
12)检查连接在合成仪上的溶剂残留(废液瓶)是否充满。
13)如果分部收集器用来收集每个DMT脱保护步骤的流出物,确保试管充分清洁干净,并打开分部收集器,确保DMT废液管路通向分部收集器。
14)启动循环,运行开始程序清洗试剂管路,除去原来的试剂。
注意:宏或TritylOnAuto表示在合成寡核苷酸的5’端核苷酸带有一个DMT,并将其从固相载体上切下来,储存在收集瓶中;TritylOffAuto表示在合成寡核苷酸的5,端核苷酸没有保护基团,将其从固相载体上切下来,储存在收集瓶中;TritylOnManual表示合成寡核苷酸的5’端核苷酸带有一个DMT,寡核苷酸没有从固相载体上切下来,而是保留在合成柱中;TritylOffManual表示在合成寡核苷酸的5,端核苷酸没有宏春保护基团,寡核苷酸没有从固相载体上切下来,而是保留在合成柱中。

『贰』 dna亲子鉴定的鉴定步骤
DNA亲子鉴定步骤如下:
第一步:DNA提取
把样本细胞核中所含有DNA提取出来,然后进行一定的纯化,化除样本中的杂质。
第二步:PCR扩增
PCR的中文名为聚合酶链式反应,简单的说,PCR扩增这一步就是把我们所需要的片段通过酶促反应,在PCR仪上进行大量复制,放大到通过某些专用仪器可以看到的程度。
第三步:后PCR反应
这一步主要是上测序仪检测的准备阶段,将双链的DNA打开,加一些检测用的的内标,主要是用来标记检测的片游裂盯段长度。
第四步:毛细管测序仪检测
由于DNA带有电荷,通过毛细管电泳的方法,不同片段DNA长度的电泳速度不同,在同样的电压,同样的电泳时间下,泳动的距离不同,这些长短不同距离可以通过前期加入的内标测量分辨出来,同时可通过一定的软件显示在电脑源伍上,方便检测人员处理和分析数据。
第五步:分析数据,出具报告
主要神和是检测人员将所得结果进行分析汇总、计算,然后出鉴定结论和报告。

『叁』 『DNA 分离胶 POP系列』
DNA序列测定分手工测序和自动测序,手工测序包括Sanger双脱氧链终止法和Maxam-Gilbert化学降陆闷解法。自动化测序实滚亩际上已成为当今DNA序列分析的主流。美国PE ABI公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等DNA测序仪,其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是ABI PRISM 310型DNA测序仪的测序原理和操作规程。
【原理】 ABI PRISM
310型基因分析仪(即DNA测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3''''末端为4种不同荧光染料的单链DNA混合物,使得四种荧光染料的测序PCR产物可在一根毛细管内电泳,从而避免了泳道间迁移率差异的影响,大大提高了测序的精确度。由于分子大小不同,在毛细管电泳中的迁移率也不同,当其通过毛细管读数窗口段时,激光检测器窗口中的CCD(charge-coupled device)摄影机检测器就可对荧光分子逐个进行检测,激发的荧光经光栅分光,以区分代表不同碱基信息的不同颜色的荧光,并在CCD摄影机上同步成像,分析软件可自动将不同荧光转变为DNA序列,从而达到DNA测序的目的。分析结果能以凝胶电泳图谱、荧光吸收峰图或碱基排列顺序等多种形式输出。
它是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定DNA片段的碱基顺序或大小和定量的高档精密仪器。PE公司还提供凝胶高分子聚合物,包括DNA测序胶(POP 6)和GeneScan胶(POP 4)。这些凝胶颗粒孔径均一,避免了配胶条件不一致对测序精度的影响。它主要由毛细管电泳装置、Macintosh电脑、彩色打印机和电泳等附件组成。电脑中则包括资料收集,分析和仪器运行等软件。它使用最新的CCD摄影机检测器,使DNA测序缩短至2.5h,PCR片段大小分析和定量分析为10~40min。
由于该仪器具有DNA测序,PCR片段大小分析和定量分析等功能,因此可进行DNA测序、杂合子分析、单链构象多态性分析(SSCP)、微卫星序列分析、长片段PCR、RT-PCR(定量PCR)等分析,临床上可除进行常规DNA测序外,还可进行单核苷酸多态性(SNP)分析、基因突变检测、HLA配型、法医学上的亲子和个体鉴定、微生物与病毒的分型与鉴定等。
【试剂与器材】
1.BigDye测序反应试剂盒 主要试剂是BigDye Mix,内含PE专利四色荧光标记的ddNTP和普通dNTP,AmpliTaq DNA
polymerase FS,反应缓冲液等。
2.pGEM-3Zf (+) 双链DNA对照模板 0.2g/L,试剂盒配套试剂。
3.M13(-21)引物 TGTAAAACGACGGCCAGT,3.2μmol/L,即3.2pmol/μl,试剂盒配套试剂。
4.DNA测序模板
可以是PCR产物、单链DNA和质粒DNA等。模板浓度应调整在PCR反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒DNA,浓度为0.2g/L,即200ng/μl。
5.引物
需根据所要测定的DNA片段设计正向或反向引物,配制成3.2μmol/L,即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物,如M13(-21)引物,T7引物等。
6.灭菌去离子水或三蒸水。
7.0.2ml或和0.5ml的PCR管 盖体分离,PE公司产品。
8.3mol/L 醋酸钠(pH5.2) 称取40.8g NaAc•3H2O溶于70ml蒸馏水中,冰醋酸调pH至5.2,定容至100ml,高压灭菌后分装。
9.70%乙醇和无水乙醇。
10.NaAc/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/L NaAc混匀,室温可保存1年。
11.POP 6测序胶 ABI产品。
12.模板抑制试剂(TSR) ABI产品。
13.10×电泳缓冲液 ABI产品。
14.ABI PRISM 310型全自动DNA测序仪。
15.2400型或9600型PCR仪。
16.台式冷冻高速离心机。
17.台式高速离心机或袖珍离心机。
【操作步骤】
1.PCR测序反应
(1) 取0.2ml的PCR管,用记号笔编号,将管插在颗粒冰中,按下表加试剂:
所加试剂 测定模板管 标准对照管
BigDye Mix 1μl 1μl
待大悉森测的质粒DNA 1μl -
pGEM-3Zf (+) 双链DNA - 1μl
待测DNA的正向引物 1μl -
M13(-21)引物 - 1μl
灭菌去离子水 2μl 2μl
总反应体积5μl,不加轻矿物油或石蜡油,盖紧PCR管,用手指弹管混匀,稍离心。
(2) 将PCR管置于9600或2400型PCR仪上进行扩增。98℃变性2min后进行PCR循环,PCR循环参数为96℃ 10s,50℃
5s,60℃4min,25个循环,扩增结束后设置4℃保温。
2.醋酸钠/乙醇法纯化PCR产物
(1) 将混合物离心,将扩增产物转移到1.5ml EP管中。
(2) 加入25μl醋酸钠/乙醇混合液,充分振荡,置冰上10min以沉淀DNA。12 000r/min于4℃离心30 min,小心弃上清。
(3) 加70%(V/V)的乙醇50μl洗涤沉淀2次。12 000r/min于4℃离心5min,小心弃上清和管壁的液珠,真空干燥沉淀10~15min。
3.电泳前测序PCR产物的处理。
(1) 加入12μl的TSR于离心管中,剧烈振荡,让其充分溶解DNA沉淀,稍离心。
(2) 将溶液转移至盖体分离的0.2ml PCR管中,稍离心。
(3) 在PCR仪上进行热变性(95℃ 2min),冰中骤冷,待上机。
4.上机操作
按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立运行的测序顺序文件。仪器将自动灌胶至毛细管,1.2kV预电泳5min,按编程次序自动进样,再预电泳(1.2kV,20min),在7.5kV下电泳2h。电泳结束后仪器会自动清洗,灌胶,进下一样品,预电泳和电泳。每一个样品电泳总时间为2.5h。电泳结束后仪器会自动分析或打印出彩色测序图谱。
5.仪器将自动进行序列分析,并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知,可通过序列比较以星号标出差异碱基处,提高工作效率。
6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与保养。
【计算】
测序反应精确度计算公式:100%-差异碱基数(不包括N数)/650×100%
差异碱基即测定的DNA序列与已知标准DNA序列比较不同的碱基,N为仪器不能辨读的碱基。
【注意事项与评价】
1.ABI PRISM 310基因分析仪是高档精密仪器,需专人操作、管理和维护。
2.本实验测序PCR反应的总体积是5μl,而且未加矿物油覆盖,所以PCR管盖的密封性很重要,除加完试剂后盖紧PCR管盖外,最好选用PE公司的PCR管。如PCR结束后PCR液小于4~4.5μl,则此PCR反应可能失败,不必进行纯化和上样。
3.作为测序用户来说,只需提供纯化好的DNA样品和引物,一个测序PCR反应使用的模板不同,需要的DNA量也就不同,PCR测序所需模板的量较少,一般PCR产物需30~90ng,单链DNA需50~100ng,双链DNA需200~500ng,DNA的纯度一般是A260nm/A280nm为1.6~2.0,最好用去离子水或三蒸水溶解DNA,不用TE缓冲液溶解。引物用去离子水或三蒸水配成3.2pmol/μl较好。
4.本实验使用的测序试剂盒是BigDye荧光标记终止底物循环测序试剂盒,一般可测DNA长度为650bp左右。本仪器DNA测序精确度为(98.5±0.5)
%,仪器不能辨读的碱基N<2%,所需测定的长度超过了650bp,则需设计另外的引物。为保证测序更为准确,可设计反向引物对同一模板进行测序,相互印证。对于N碱基可进行人工核对,有时可以辨读出来。为提高测序的精确度,根据星号提示位置,可人工分析该处彩色图谱,对该处碱基作进一步核对。
具体的配置方法,你拿到产品说明书都有的,一般的实验室都有相关的配方。
『肆』 无创dna怎么做
1、无创DNA检查不需要空腹:无创DNA检查是需要抽取母体血液的,一般的人,一听说要抽血检查,可能第一时间想到的就是空腹。相反,伍掘在做无创DNA检查时是不需要空腹的,孕妈妈们,只要保证正常饮食就可以了。
2、注意检查时间:无创DNA产前检测在孕12周便可进行,孕12周~26周是进行无创DNA产前检测的整个时间段。准妈妈们若是想做这项检查的话,一定要在这个时间段去做,这样才不会影响检查结果的,提高检查精准率。
3、无创DNA检查不等同于唐氏筛查:唐氏筛查仅是无创DNA检查的其中一项,也就是说无创DNA检查的范围比较多,其中包括唐氏综合征、爱德华氏综合征、帕陶氏举芹综合征等染色体疾病检查。因此孕妈妈们在做无创DNA检查腔答核时,要坚持完所有检查项目,全方位保证胎儿健康。
4、尽量到大医院接受检查:无创DNA基因检测技术,于2010年开始进入临床,主要是依靠胎儿的细胞通过胎盘会渗透到母血中,被母体免疫系统破坏,胎儿的DNA就会残留下来。其检测结果准确度高达99.70%,像这种高端技术一般大医院才有。
『伍』 染色体微阵列分析和基因检查一样吗
不一样。
DNA微阵列(DNA microarray)又称DNA阵列或DNA芯片,比较通俗的名字是基因芯片(gene chip)。是一块带有DNA微阵列(micorarray)涂层的特殊玻璃片,在数平方厘米之面积上安装数千或数万个核酸探针,经由一次测验,即可提供大量基因序列相关资讯。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人员应用基因芯片就可以在同一时间定量的分析大量(成千上万个)的基因表达的水平,具有快速、精确、低成本之生物分析检验能力。
其中可以用来检测基因表现程度之 cDNA微阵列(cDNA-microarray),已开始商业化,市场主要以研发实验室为主。此外,以光刻(photolithography)技术制作,可检测基因多形式(Polymorphisms)之生物芯片,尚处于试验好链阶段而结合微流体学(microfluidics)之临床诊断用芯片,则仍在研发阶段。
DNA微阵列技术:
一 检测基因表达水平及识别基因序列。
Schena等1996年用拟南芥光调基因微阵列,以不同器官中的mRNA为探针,检测其基因表达水平,结果表明叶mRNA的表达水平是根的500倍。Shelon等1996年将酿酒酵母基因组DNA克隆制成微阵列,用6条最大染色体和10条最小染色体DNA探针分别标记上红,绿荧光标记进行杂交检测,结果表明95%的克隆在染色体上的定位与文献报道一致。Milosaljevic等1996年将大肠杆菌基因组DNA的15328个克隆制成微阵列,用997众寡核苷酸探针进行杂交检测,汇总结果通过计算前销机与E.coli序列资料库相比较,用此技术一次可识别4.6MbDNA序列结构。
二 检测表达状况,发现新基因。
Wodicka1997年将覆盖酵母基因组全部ORF的26万种25mer探针,阵列于4张玻片,每张6.5万个探针,将酵母分加富和低限两组培养,研究不同生长条件下基因表达水平,结果表明90%的基因在两种条件下慧袜游均表达,36种mRNA更多地在加富培养下表达,140种mRNA在低限培养中表达。此外,还发现了一批未见报道的新基因。
三 检测突变和多态性进行遗传作图。
Hacia等1996年用96600寡核苷酸阵列,检测人癌基因BRCA1突变情况,将15个患者样品和对照样品分别用两种荧光标记,发现14人的该基因发生了一个剪辑突变,共出现8种多态性,突变表现在该基因外显子2的第22个密码子内。利用SNP制作人类遗传图谱,将是第三代遗传图谱,此技术完全以DNA微阵列为基础。 四,DNA序列分析。Donnel等1992,Pease等1994,Yershow等1996,Wallraff等1997都报道了采用DNA微阵列技术进行DNA序列分析。多数研究者采用先合成寡核苷酸序列制作微阵列,然后与标记的未知DNA序列杂交,通过荧光共聚焦显微镜扫描,计算机软件分析得出数据,也有研究者将被测DNA片断阵列,以标记的寡合苷酸为探针杂交测序。
『陆』 Ion Torrent 基因分析仪——介绍及原理
IonTorrent基因分析仪组件:
IonTorrent与Illumina原理的主要区别:
Illumina:荧光信号
Ion Torrent:电信号团瞎
IonTorrent 核心理念:
核心理念:芯片就是测序仪
特点:扩展性、简捷、快速
半导体测序技术:
IonTorrent生物化学原理:
IonTorrent如何快速、直接检测:
Ion系列测序平台适用的chips及数据产出情况汇总:
PGM Chip:
314 Chip:1.2M Wells
316 Chip:6.1M Wells
318 Chip:11M Wells
Ion torrent测序过程:
Follow 和Cycle的含义:
一个“Follow”:将一个特定的dNTP(T, A, C, or G)打入芯片,随后进行洗脱;
一个“Cycle”:是由4个dNTP组成,例如:A-T-C-G= 1 Cycle。
测序时“Follow”的顺序是怎样的?
“Flow”的顺序是以下dNTP顺序的重复(参数可调):
“TACG-TACG-TCTG-AGCA-TCGA-TCGA-TGTA-CAGC”
IonTorrent 测序记录“Ionograms”:
An “ionogram”代表信号的输出
必须“从上到下”和“从左向右”读
柱的高度代表在一个“Flow”中有几个核酸结合上去
“Negative ” 或 “zero” flows 代表没有核酸结合上去
IonTorrent实验流程汇总:
IonTorrent特点:
1.扩展性 :灵活高蚂差效的Ion Torrent
2.简捷:简单而又真实的生物化学原理
3.快速:最快速的操作流程
IonTorrent应用与产品化:
提供快速鉴别与筛查食源性致病菌的整套工具
微生物全基因组测序— de novo 测序和重测序;
宏基因组测序(16S/18S…)—一项有效的工具;
RNA病毒测序:
1.纯化的RNA病毒分型
–病毒RNA抽提
–长PCR扩增子
–短PCR扩增子(利用AmpliSeq技术)
–TargetSeq捕获
2.未知的RNA病毒 denovo分析
–病毒RNA抽提
–反向富集,去除rRNA专有引物设计,去除宿主rRNA
Ion Total RNA-SeqKit (48 reactions)
•构建全外显子或Small RNA文库;
•维持原始单链并减少偏向性和错误;
•低起始量建库:总RNA 200ng或5ngmiRNA。
目标区域:
1.扩增子测序
基于PCR目标序列的深度测序,用于检测变异}扩增子的长度是可变的,
Ion Xpress™ 文库制备试剂盒与现有的Sanger测塌物空序法的引物完全兼容
利用barcoding试剂盒(条码试剂盒),可以实现多种样品的扩增子同时测序
检测生殖细胞和体细胞的突变
2.捕获目标序列 (目标序列>100kb)
通过杂交法或大量并行的PCR,实现目标序列的富集
•TargetSeq™定制富集试剂盒,可根据客户应用需求实现特定序列的富集
•可与其他富集方法兼容
Ion DNA 条码接头(Barcode Adaptor )1-96试剂盒
1.Ion半导体测序技术采用优化的barcodes可以 一次进行多达96种文库的同时测序。
2.支持多种文库的目标序列或全基因组的再测序,可以降低成本,节省样品。
3. 最少的接头序列和强大的校正功能确保样品种类的确认
4. 兼容自动化操作
微生物测序
准确,快速的细菌和病毒的从头测序和重测序
线粒体测序
多重线粒体测序用于科研,临床和法医等应用
扩增子测序
•多重扩增子测序用于快速的检测生殖细胞和体细胞的突变
•与毛细管电泳测序的引物完全兼容
•利用测序进行基因分型
•细菌和病毒的分型质粒测序
大片段目标序列(>100kb)的在测序
快速,简单的操作流程适用于所有的大片段目标序列的富集方法
验证全基因组和显子组的突变
正交技术验证SOLiD®System/Illumina的全基因组和外显子组的测序结果
文库评估
在进行高通量的测序之前,对构建的文库进行快速的复杂性验证或QC质控
RNA测序
快速,简单的RNA测序解决方案(最初主要针对于小RNA&低复杂度的转录组)
IonTorrent数据处理:
Ion Torrent下机数据格式(SFF、BAM、Fastq)
默认下机文件类型为:BAM;
通过插件FastqCreator可下机直接生成:Fastq;
原始下机数据路径:
Fastq格式文件:/results/analysis/output/Home/(ReportName)/plugin_out/FileExporter_out.*
BAM格式文件:/results/analysis/output/Home/(ReportName)
IonTorrent测序质控:
Positive-controlKit,上机制备模板时加入;
可自行设置,占据上样量;
IonTorrent上机情况反馈
机器运行及分析的日志文件压缩包(Support文件)。
『柒』 毛细管电泳是用来检查亲子鉴定吗
毛细管电泳是一种常见的分离和分析琼脂糖电泳技术。它可以用于分离DNA和RNA分子,并且在分子量、电荷、大小和形状等维度上进行分析。
在DNA分析中,毛细管电泳可以被段贺弊用于亲子鉴定。利用毛细管电泳技术,可以将DNA分子分离成不同的大小和形状,并对分离后的DNA分子进行比较。通过比较来自不同个体的DNA样本之间的差异,可以确定亲子关系。
虽然毛细管电泳是用于DNA分析的一种拍键重要技术,但在亲子鉴定中,毛细管电泳通常作为一种初步筛选方法,用来握族筛选出同父异母和非亲缘关系的个体,而不足以确定亲缘关系。在亲子鉴定中,还需结合其他分析方法,如SNP基因分型、STR基因分型等技术综合分析,才能确立亲子关系。
『捌』 怎么验DNA
1、验DNA也就是DNA亲子鉴定,利用医学、生物学和遗传学的理论和技术,从子代和亲代的形态构造或生理机能方面的相似特点,分析遗传特征,判断父母与子女之间是否是亲生关系。
2、也叫亲权扰宽鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞及骨头等都可以用于亲子鉴定,十分方便。根据国家规定,做亲子鉴定需要填写司法鉴定书。
3、司法鉴定书具有法搭李团律效力,能够被法院、司法机关、知橘律师事务所认可。然后填写《DNA委托鉴定申请表》和《委托书》,采集血液或血痕样品,才能进入DNA检测程序。
『玖』 基因检测是怎么做的流程是什么样的
基因检测是一种通过血液、其他体液或细胞来检查DNA是否正常的技术。流程基本是检测机构或者医院采样完成后进行检测,购买者只需要配合采样就可以。
基因旦首检测是需要提取含有遗传物质的样本进行检测,任何含有人类细胞核含有遗传物质的组织都可以作为检测的样本。抽血是最常用最简单的程序方法,也可以用皮肤组织、怀孕期间的羊水组织、绒毛组织或头发上带有的毛囊等,都可以作为基因检测的样本。还有一些特殊情况,比如肿瘤病人也可以选取切下来的肿瘤作为标本,甚至于石蜡包埋的组织包块,或者抽取的胸腔积液、腹腔积液等都可以作为基因检测的标本。实灶迟逗际上,也是目前临床比较常用的方式。
更多关隐卖于基因检测的详细内容,推荐咨询海普洛斯。海普洛斯在基因测序、液体活检、生物信息和大数据等领域具有独创技术和核心优势,业务覆盖肿瘤全病程管理、遗传性疾病筛查、重大感染性疾病(含新冠核酸)等领域,是肿瘤液体活检和基因大数据国家高新技术企业。【● 没病有必要做基因检测吗?过来人有话说......】
『拾』 流式细胞仪测DNA含量具体步骤怎么调
流式细胞仪测DNA含量具体步骤怎么调
流式检测DNA含量,是通过DNA荧光染料,比如PI染色,然后和已知DNA含量的商品化标准品(比如鸡红大搜细胞)比对,得姿局到含量。
比如下面这个图,做的是肝癌患者活检后的检查。横坐标代表的是DNA染色后的相对荧光强度,纵坐标是细胞计数。第一个峰是鸡红细胞,第二个峰是正常的肝细胞。第三个峰是迹仿让DNA含量多于正常细胞(也就是癌细胞,是正常细胞的1.2倍),最后一个峰,是正在分裂的正常细胞处于G2期,所以有两倍的DNA