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拍基因组检测胶的仪器叫什么

发布时间:2022-11-07 10:31:59

1. 凝胶成像仪是做什么用的

做凝胶用的,用在DNA 蛋白的检测分子生物学方面,在操作凝胶成像仪之前,应完成凝胶的基因扩增(PCR仪)-电泳(电泳系统)-然后上凝胶成像仪上观察分析、数据处理

2. 【转载】三代基因组测序技术原理简介

摘要: 从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)[1] 发展至今三十多年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革,也都对基因组研究,疾病医疗研究,药物研发,育种等领域产生巨大的推动作用。在这里我主要对当前的测序技术以及它们的测序原理做一个简单的小结。

生命体遗传信息的快速获得对于生命科学的研究有着十分重要的意义。以上图1(右键打开图片可查看大图,下同)所描述的是自沃森和克里克在1953年建立DNA双螺旋结构以来,整个测序技术的发展历程。

第一代测序技术

第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆(Maxam)和吉尔伯特(Gilbert)发明的化学法(链降解). 并在1977年,桑格测定了第一个基因组序列,是噬菌体X174的,全长5375个碱基[1]。自此,人类获得了窥探生命遗传差异本质的能力,并以此为开端步入基因组学时代。研究人员在Sanger法的多年实践之中不断对其进行改进。在2001年,完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础,Sanger法核心原理是:由于ddNTP的2’和3’都不含羟基,其在DNA的合成过程中不能形成磷酸二酯键,因此可以用来中断DNA合成反应,在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddNTP(分为:ddATP,ddCTP,ddGTP和ddTTP),通过凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的DNA序列(图2)。这个 网址 为sanger测序法制作了一个小短片,形象而生动。

值得注意的是,就在测序技术起步发展的这一时期中,除了Sanger法之外还出现了一些其他的测序技术,如焦磷酸测序法、链接酶法等。其中,焦磷酸测序法是后来Roche公司454技术所使用的测序方法2–4,而连接酶测序法是后来ABI公司SOLID技术使用的测序方法2,4,但他们的共同核心手段都是利用了Sanger1中的可中断DNA合成反应的dNTP。

第二代测序技术

总的说来,第一代测序技术的主要特点是测序读长可达1000bp,准确性高达99.999%,但其测序成本高,通量低等方面的缺点,严重影响了其真正大规模的应用。因而第一代测序技术并不是最理想的测序方法。经过不断的技术开发和改进,以Roche公司的454技术、illumina公司的Solexa,Hiseq技术和ABI公司的Solid技术为标记的第二代测序技术诞生了。第二代测序技术大大降低了测序成本的同时,还大幅提高了测序速度,并且保持了高准确性,以前完成一个人类基因组的测序需要3年时间,而使用二代测序技术则仅仅需要1周,但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多。表1和图3对第一代和第二代测序技术各自的特点以及测序成本作了一个简单的比较5,以下我将对这三种主要的第二代测序技术的主要原理和特点作一个简单的介绍。

Illumine

Illumina公司的Solexa和Hiseq应该说是目前全球使用量最大的第二代测序机器,这两个系列的技术核心原理是相同的2,4。这两个系列的机器采用的都是边合成边测序的方法,它的测序过程主要分为以下4步,如图4.

​ (1)DNA待测文库构建

利用超声波把待测的DNA样本打断成小片段,目前除了组装之外和一些其他的特殊要求之外,主要是打断成200-500bp长的序列片段,并在这些小片段的两端添加上不同的接头,构建出单链DNA文库。

​ (2)Flowcell

Flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道,当文库建好后,这些文库中的DNA在通过flowcell的时候会随机附着在flowcell表面的channel上。每个Flowcell有8个channel,每个channel的表面都附有很多接头,这些接头能和建库过程中加在DNA片段两端的接头相互配对(这就是为什么flowcell能吸附建库后的DNA的原因),并能支持DNA在其表面进行桥式PCR的扩增。

​ (3)桥式PCR扩增与变性

桥式PCR以Flowcell表面所固定的接头为模板,进行桥形扩增,如图4.a所示。经过不断的扩增和变性循环,最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束,每一个束都含有单个DNA模板的很多分拷贝,进行这一过程的目的在于实现将碱基的信号强度放大,以达到测序所需的信号要求。

(4)测序

测序方法采用边合成边测序的方法。向反应体系中同时添加DNA聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的4中dNTP(如同Sanger测序法)。这些dNTP的3’-OH被化学方法所保护,因而每次只能添加一个dNTP。在dNTP被添加到合成链上后,所有未使用的游离dNTP和DNA聚合酶会被洗脱掉。接着,再加入激发荧光所需的缓冲液,用激光激发荧光信号,并有光学设备完成荧光信号的记录,最后利用计算机分析将光学信号转化为测序碱基。这样荧光信号记录完成后,再加入化学试剂淬灭荧光信号并去除dNTP 3’-OH保护基团,以便能进行下一轮的测序反应。Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题,它的主要测序错误来源是碱基的替换,目前它的测序错误率在1%-1.5%之间,测序周期以人类基因组重测序为例,30x测序深度大约为1周。

Roche 454

Roche 454测序系统是第一个商业化运营二代测序技术的平台。它的主要测序原理是(图5 abc)2:

(1)DNA文库制备

454测序系统的文件构建方式和illumina的不同,它是利用喷雾法将待测DNA打断成300-800bp长的小片段,并在片段两端加上不同的接头,或将待测DNA变性后用杂交引物进行PCR扩增,连接载体,构建单链DNA文库(图5a)。

(2)Emulsion PCR (乳液PCR,其实是一个注水到油的独特过程)

454当然DNA扩增过程也和illumina的截然不同,它将这些单链DNA结合在水油包被的直径约28um的磁珠上,并在其上面孵育、退火。

乳液PCR最大的特点是可以形成数目庞大的独立反应空间以进行DNA扩增。其关键技术是“注水到油”(水包油),基本过程是在PCR反应前,将包含PCR所有反应成分的水溶液注入到高速旋转的矿物油表面,水溶液瞬间形成无数个被矿物油包裹的小水滴。这些小水滴就构成了独立的PCR反应空间。理想状态下,每个小水滴只含一个DNA模板和一个磁珠。

这些被小水滴包被的磁珠表面含有与接头互补的DNA序列,因此这些单链DNA序列能够特异地结合在磁珠上。同时孵育体系中含有PCR反应试剂,所以保证了每个与磁珠结合的小片段都能独立进行PCR扩增,并且扩增产物仍可以结合到磁珠上。当反应完成后,可以破坏孵育体系并将带有DNA的磁珠富集下来。进过扩增,每个小片段都将被扩增约100万倍,从而达到下一步测序所要求的DNA量。

(3)焦磷酸测序

测序前需要先用一种聚合酶和单链结合蛋白处理带有DNA的磁珠,接着将磁珠放在一种PTP平板上。这种平板上特制有许多直径约为44um的小孔,每个小孔仅能容纳一个磁珠,通过这种方法来固定每个磁珠的位置,以便检测接下来的测序反应过程。

测序方法采用焦磷酸测序法,将一种比PTP板上小孔直径更小的磁珠放入小孔中,启动测序反应。测序反应以磁珠上大量扩增出的单链DNA为模板,每次反应加入一种dNTP进行合成反应。如果dNTP能与待测序列配对,则会在合成后释放焦磷酸基团。释放的焦磷酸基团会与反应体系中的ATP硫酸化学酶反应生成ATP。生成的ATP和荧光素酶共同氧化使测序反应中的荧光素分子并发出荧光,同时由PTP板另一侧的CCD照相机记录,最后通过计算机进行光信号处理而获得最终的测序结果。由于每一种dNTP在反应中产生的荧光颜色不同,因此可以根据荧光的颜色来判断被测分子的序列。反应结束后,游离的dNTP会在双磷酸酶的作用下降解ATP,从而导致荧光淬灭,以便使测序反应进入下一个循环。由于454测序技术中,每个测序反应都在PTP板上独立的小孔中进行,因而能大大降低相互间的干扰和测序偏差。454技术最大的优势在于其能获得较长的测序读长,当前454技术的平均读长可达400bp,并且454技术和illumina的Solexa和Hiseq技术不同,它最主要的一个缺点是无法准确测量同聚物的长度,如当序列中存在类似于PolyA的情况时,测序反应会一次加入多个T,而所加入的T的个数只能通过荧光强度推测获得,这就有可能导致结果不准确。也正是由于这一原因,454技术会在测序过程中引入插入和缺失的测序错误。

Solid技术

Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法,即利用DNA连接酶在连接过程之中测序(图6)2,4。它的原理是:

(1)DNA文库构建

片段打断并在片段两端加上测序接头,连接载体,构建单链DNA文库。

(2)Emulsion PCR

Solid的PCR过程也和454的方法类似,同样采用小水滴emulsion PCR,但这些微珠比起454系统来说则要小得多,只有1um。在扩增的同时对扩增产物的3’端进行修饰,这是为下一步的测序过程作的准备。3’修饰的微珠会被沉积在一块玻片上。在微珠上样的过程中,沉积小室将每张玻片分成1个、4个或8个测序区域(图6-a)。Solid系统最大的优点就是每张玻片能容纳比454更高密度的微珠,在同一系统中轻松实现更高的通量。

(3)连接酶测序

这一步是Solid测序的独特之处。它并没有采用以前测序时所常用的DNA聚合酶,而是采用了连接酶。Solid连接反应的底物是8碱基单链荧光探针混合物,这里将其简单表示为:3’-XXnnnzzz-5’。连接反应中,这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对。探针的5’末端分别标记了CY5、Texas Red、CY3、6-FAM这4种颜色的荧光染料(图6-a)。这个8碱基单链荧光探针中,第1和第2位碱基(XX)上的碱基是确定的,并根据种类的不同在6-8位(zzz)上加上了不同的荧光标记。这是Solid的独特测序法,两个碱基确定一个荧光信号,相当于一次能决定两个碱基。这种测序方法也称之为两碱基测序法。当荧光探针能够与DNA模板链配对而连接上时,就会发出代表第1,2位碱基的荧光信号,图6-a和图6-b中的比色版所表示的是第1,2位碱基的不同组合与荧光颜色的关系。在记录下荧光信号后,通过化学方法在第5和第6位碱基之间进行切割,这样就能移除荧光信号,以便进行下一个位置的测序。不过值得注意的是,通过这种测序方法,每次测序的位置都相差5位。即第一次是第1、2位,第二次是第6、7位……在测到末尾后,要将新合成的链变性,洗脱。接着用引物n-1进行第二轮测序。引物n-1与引物n的区别是,二者在与接头配对的位置上相差一个碱基(图6-a. 8)。也即是,通过引物n-1在引物n的基础上将测序位置往3’端移动一个碱基位置,因而就能测定第0、1位和第5、6位……第二轮测序完成,依此类推,直至第五轮测序,最终可以完成所有位置的碱基测序,并且每个位置的碱基均被检测了两次。该技术的读长在2×50bp,后续序列拼接同样比较复杂。由于双次检测,这一技术的原始测序准确性高达99.94%,而15x覆盖率时的准确性更是达到了99.999%,应该说是目前第二代测序技术中准确性最高的了。但在荧光解码阶段,鉴于其是双碱基确定一个荧光信号,因而一旦发生错误就容易产生连锁的解码错误。

第三代测序技术

测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术,被称之为第三代测序技术。与前两代相比,他们最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行PCR扩增。

其中PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想5,并以SMRT芯片为测序载体。基本原理是: DNA聚合酶和模板结合,4色荧光标记 4 种碱基(即是dNTP),在碱基配对阶段,不同碱基的加入,会发出不同光,根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。同时这个 DNA 聚合酶是实现超长读长的关键之一,读长主要跟酶的活性保持有关,它主要受激光对其造成的损伤所影响。PacBio SMRT技术的一个关键是怎样将反应信号与周围游离碱基的强大荧光背景区别出来。他们利用的是ZMW(零模波导孔)原理:如同微波炉壁上可看到的很多密集小孔。小孔直径有考究,如果直径大于微波波长,能量就会在衍射效应的作用下穿透面板而泄露出来,从而与周围小孔相互干扰。如果孔径小于波长,能量不会辐射到周围,而是保持直线状态(光衍射的原理),从而可起保护作用。同理,在一个反应管(SMRTCell:单分子实时反应孔)中有许多这样的圆形纳米小孔, 即 ZMW(零模波导孔),外径 100多纳米,比检测激光波长小(数百纳米),激光从底部打上去后不能穿透小孔进入上方溶液区,能量被限制在一个小范围(体积20X 10-21 L)里,正好足够覆盖需要检测的部分,使得信号仅来自这个小反应区域,孔外过多游离核苷酸单体依然留在黑暗中,从而实现将背景降到最低。另外,可以通过检测相邻两个碱基之间的测序时间,来检测一些碱基修饰情况,既如果碱基存在修饰,则通过聚合酶时的速度会减慢,相邻两峰之间的距离增大,可以通过这个来之间检测甲基化等信息(图7)。SMRT技术的测序速度很快,每秒约10个dNTP。但是,同时其测序错误率比较高(这几乎是目前单分子测序技术的通病),达到15%,但好在它的出错是随机的,并不会像第二代测序技术那样存在测序错误的偏向,因而可以通过多次测序来进行有效的纠错。

Oxford Nanopore Technologies公司所开发的纳米单分子测序技术与以往的测序技术皆不同,它是基于电信号而不是光信号的测序技术5。该技术的关键之一是,他们设计了一种特殊的纳米孔,孔内共价结合有分子接头。当DNA碱基通过纳米孔时,它们使电荷发生变化,从而短暂地影响流过纳米孔的电流强度(每种碱基所影响的电流变化幅度是不同的),灵敏的电子设备检测到这些变化从而鉴定所通过的碱基(图8)。

该公司在去年基因组生物学技术进展年会(AGBT)上推出第一款商业化的纳米孔测序仪,引起了科学界的极大关注。纳米孔测序(和其他第三代测序技术)有望解决目前测序平台的不足,纳米孔测序的主要特点是:读长很长,大约在几十kb,甚至100 kb;错误率目前介于1%至4%,且是随机错误,而不是聚集在读取的两端;数据可实时读取;通量很高(30x人类基因组有望在一天内完成);起始DNA在测序过程中不被破坏;以及样品制备简单又便宜。理论上,它也能直接测序RNA。

纳米孔单分子测序计算还有另一大特点,它能够直接读取出甲基化的胞嘧啶,而不必像传统方法那样对基因组进行bisulfite处理。这对于在基因组水平直接研究表观遗传相关现象有极大的帮助。并且改方法的测序准确性可达99.8%,而且一旦发现测序错误也能较容易地进行纠正。但目前似乎还没有应用该技术的相关报道。

其他测序技术

目前还有一种基于半导体芯片的新一代革命性测序技术——Ion Torrent6。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片, 一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器感受到H+离子信号,H+离子信号再直接转化为数字信号,从而读出DNA序列(图9)。这一技术的发明人同时也是454测序技术的发明人之一——Jonathan Rothberg,它的文库和样本制备跟454技术很像,甚至可以说就是454的翻版,只是测序过程中不是通过检测焦磷酸荧光显色,而是通过检测H+信号的变化来获得序列碱基信息。Ion Torrent相比于其他测序技术来说,不需要昂贵的物理成像等设备,因此,成本相对来说会低,体积也会比较小,同时操作也要更为简单,速度也相当快速,除了2天文库制作时间,整个上机测序可在2-3.5小时内完成,不过整个芯片的通量并不高,目前是10G左右,但非常适合小基因组和外显子验证的测序。

小结

以上,对各代测序技术的原理做了简要的阐述,这三代测序技术的特点比较汇总在以下表1和表2中。其中测序成本,读长和通量是评估该测序技术先进与否的三个重要指标。第一代和第二代测序技术除了通量和成本上的差异之外,其测序核心原理(除Solid是边连接边测序之外)都是基于边合成边测序的思想。第二代测序技术的优点是成本较之一代大大下降,通量大大提升,但缺点是所引入PCR过程会在一定程度上增加测序的错误率,并且具有系统偏向性,同时读长也比较短。第三代测序技术是为了解决第二代所存在的缺点而开发的,它的根本特点是单分子测序,不需要任何PCR的过程,这是为了能有效避免因PCR偏向性而导致的系统错误,同时提高读长,并要保持二代技术的高通量,低成本的优点。

表1:测序技术的比较

表2:主流测序机器的成本测序比较

以下图10展示了当前全球测序仪的分布情况。图中的几个热点区主要分布在中国的深圳(主要是华大),南欧,西欧和美国。

参考文献

原文链接: http://www.huangshujia.me/2013/08/02/2013-08-02-An-Introction-of-NGS-Sequence.html

3. 请说明基因工程实验操作中主要使用的仪器及其使用方法

凝胶成像仪基本使用说明
1 打开凝胶成像仪电源(机器后部),开电脑;
2 将染色后凝胶用水冲洗后,将凝胶放在透射板正中,并关严暗仓门;
3 打开GeneSnap软件,在软件界面中点击绿色按钮,打开镜头,该按钮会变成红色,如凝胶在屏幕上未出现,可适当调节光圈(绿色按钮下左一),使图象到达合适亮度,调整图象大小(绿色按钮下中间)及清晰度(绿色按钮下右一);
4 待图象最优化时,点击红色按钮使之变成绿色,成像保留在屏幕上,点击“Save”保存为.Sgd格式文件,用于使用“Gene Tools”软件分析;或点击“Save As”,在下拉菜单中 选取合适的图象类型后,生成该类型的图形文件,如“.jpg; .bmp; .gif”等;
5 关闭软件(如未保存图象此时会提示);
6 打开暗仓门,拉出透射台,凝胶用PE手套包住后丢弃,并冲洗透射板;
7 关上暗仓门,并关闭电源。
注意:
1 开关仓门时防止将EB沾在仓门盖上,如不慎沾上EB,擦干后用水冲洗;
2 不推荐使用自动曝光;
3 透射板紫外灯寿命有限,调整图象后及时成像;
4 凝胶应及时清理,防止凝胶固化后贴附在透射板上,造成成像不清晰;
5 如需对垂直电泳凝胶成像,需在透射台上加装白光透射板,并调整“Transilluminator”为“Lower light”,其他操作相同;
6 请勿用该电脑处理文档等,如需拷贝图片,请将移动盘格式化后再插入。

稳压稳流电泳仪使用方法
1、使用时,先接好输入电源线,然后连接电泳槽,选择需要的稳定方式(稳压或稳流),和合适的电压电流开关档位,再开启电源开关,调节电位器旋钮,使输出电压或电流达到设定值即可。
2、为保证电泳实验的安全,本机设有限流和短路双重保护装置。在稳压档,当负载(电泳槽)电阻缓慢变小,使电流不断增大时,限流保护使输出电流不超过 120mA。限流保护起作用时,输出电压自然降低,不再稳压,以满足欧姆定律:电流=电压/电阻。
3、当输出端不慎短路,或负载电阻突然减小以致输出大大超过100mA时,短路保护装置立即切断输出,同时面板上的红色发光管亮,指示曾发生过短路故障。此时关闭电源开关,排除短路故障,再重新开启电源开关,即能恢复工作。
于稳流档使用时,输出禁止开路(即不接电泳槽)。
电泳仪使用时应放置通风干燥处。

恒温金属浴(CHB-100)操作卡
开机前检查:
电源线插头已经可靠插入电源插座中,电源线接地可靠。
温度设置:
1、打开电源开关,所有的指示灯和数码管都亮。大约5秒后即时温度显示窗(PV)显示的数字为金属模块的即时温度,设置温度显示窗(SV)显示的数字为上一次使用的设置温度。
2、按压(设置/SET)键一次,此时设置温度显示窗(SV)最左边数字闪烁,用上下键可更改闪烁数字到所需数值。
3、再按压(设置/SET)键一次,闪烁数字右移一位,用上下键更改闪烁数字直至所需数值。
4、再按压(设置/SET)键一次,闪烁数字右移一位,同样用上下键更改闪烁数字直至所需数值,完成温度的设置工作。或再次按压(设置/SET)键又从左边重新开始设置。
5、温度设置完成后8秒,数字闪烁现象消失,表示本机系统进入运行状态,并按照当前设定的温度值运转。
超声波细胞粉碎仪操作步骤及使用说明
超声波细胞粉碎仪操作步骤:
1、打开超声波细胞粉碎仪的电源开关,指示灯亮。
2、按“设定”键,显示窗1(工作/间歇)显示“-1”,进入间隔时间设定状态,此时显示窗3 (温度)显示的是原始数据或“--”,按置数键设定间隔时间(建议1秒)。
3、按功能键,显示窗1显示“-2”,进入超声时间设定状态,按置数键设定超声时间(最好5秒以下,建议1秒)。
4、按功能键,显示窗1显示“-3”,进入全程时间设定状态,按置数键设定全程时间(此时时间单位为分)。
5、按功能键,显示窗1显示“-4”,进入温度保护设定状态,按置数键设定保护温度(0-40℃)。
6、按设定键结束设定并按“复位”键复位,按启动/暂停键开始超声粉碎,全程时间到后显示显示窗闪烁跳动并自动报警停止工作。
7、如需重复上述实验,先按超声波细胞粉碎仪的清零再按启动键。如工作中需要暂停,再次按启动/暂停键。
离心机使用说明书 使用说明:
1、本机采用三眼安全插座,使用前应接妥地线,工作时,应将本机放置在平整而坚固的台面上。
2、首先查看定时器旋钮,应在“0”位置,然后接通电源,开电源开关,指示灯亮。
3、具体操作必须按如下步骤:
a、打开盖板,小心地将试样放置于离心护管内。注意:对称的离心护管内必须放入同样重量的试样,其重量偏差不大于1克。
b合上盖板,调节速度至所需值。
c将定时器旋至所需的时间值(“ON” 为常闭位置),定时器一离于“0”位置,转盘即开始旋转,离心机工作。
d工作一定时间后,定时器回复到“0”位置,转盘停止旋转,离心机停止工作。本机使用完毕后,关闭开关,将本机置于干燥、通风阴凉处,并保持其清洁

PCR仪使用说明书
步骤:
1、开机:打开开关,视窗上显示“SELF TEST”,显示10秒中后,显示RUN-ENTER菜单:“-RUN ENTER PROGRAM PROGRAM ”准备执行程序。
2、放入样本管,关紧盖子。
3、如果要运行已经编好的程序,则直接按《Proceed》,用箭头键选择已储存的程序,按《Proceed》,则屏幕显示:“-ENABLE DISABLE HEATED LID” 按《Proceed》选择ENABLE,则开始执行程序。
4、如果要输入新的程序,则在RUN-ENTER菜单上用箭头键选择ENTER PROGRAM,按《Proceed》,屏幕显示 “ -NEW LIST EDIT DELET”,按《Proceed》,1)选择NEW,命名新的程序,最多8个字母,输入后按《Proceed》确认。
2)输入程序步骤:名字输入后,显示“ STEP1 _TEMP GOTO OPITON END”,按《Proceed》则可以输入温度(0~100℃),按《Proceed》确认后,则可以输入孵育时间,用《Select》键移动光标,输入数字,完成后按《Proceed》确认,跳到下一步,输入方式同上。
3)选择GOTO,输入循环步骤时链接到第几步(循环数最多可达9999次)(为实际循环数-1)。
4) 选择option,显示“STEP EXTENDI NCREMENT SLOPE ”再选择increment,按《Proceed》确认,输入初始的温度,确认后输入时间,按《Proceed》确认,然后输入每个循环增加或减少的温度,增加用正值,减少用负值(-0.1℃~6℃),按《Proceed》确认。选择extend,按《Proceed》确认,输入每个循环增加或减少的时间(-60~60秒),按《Proceed》确认。
选择slop(指温度上升或下降的速率),输入温度的改变值(-0.1~1.5℃)按《Proceed》确认,然后输入加热或致冷的速度,按《Proceed》确认。
4)选择End,输入结束步骤。
5、输入完成的程序后,到RUN-ENTER菜单,选择新程序,开始运行。
6、其它:用《pause》可以暂停一个运行的程序,再按一次继续程序。用《stop》或《Cancel》可停止运行的程序。
制冰机使用说明书使用方法
1.取下外包装,并从储冰盒中取出随机所附文件袋及进水管、排水管、冰勺、密封垫等附件.
2.将制冰机放置通风处,与墙保持不少于150mm的空间,远离热源,确保机器平稳放置。
3.将随机所附的一根12的软塑波纹排水管与机器背部的出水管7相接,另一端口置于积水盒(自配)或下水道口内。
4.将随机所附的进水管一端连接到可饮用自来水供水管的带3/4"螺纹接头的水龙头上,供水管的水压1.5一3kg/cm2,另一端与制冰机背部的水阀螺纹接头6相连,注意在连接时,进水管两端均需放置密封垫(随机配)。
5.拧开自来水龙头,保证进水管水流畅通。
6.插上电源插头,按下操作面板上的翘板开关,这时制冰机开始工作,制冰机从进水一制冰、脱冰、储冰实行全自动连续制冰,如果储冰箱内的冰量达到一定程度,操作面板2上的冰满灯会亮,制冰机自动停机;当外部供水管(或纯水给水系统)出现断水或供水故障时,制冰机操作面板上缺水灯会亮,制冰机自动停机。 仪器还有好多 ,欢迎追问

4. 分子生物学技术平台要用到哪些仪器设备

SICOLAB整理的分子生物学技术平台常用设备有以下几种:
(一)普通PCR仪
应用范围:广泛应用于分子生物学的各个领域.包括基因诊断、分离、克隆、核酸序列分析、突变体和重组体的构件和基因表达调控研究等,如Bio-RadS1000PCR仪。
(二)梯度PCR仪
应用范围:用于梯度PCR实验。在优化PCR条件时应用广泛,可以做到同一批PCR扩增设置12个温度梯度。
(三)荧光定量PCR仪
应用范围:用于基因表达分析(荧光定量PCR)和基因突变(包括HRM技术)检测。
(四)超微量紫外可见分光光度计
应用范围:利用分光光度法对物质进行定量定性分析的仪器,主要用于检测核酸包估dsDNA,ssDNA,RNA和纯化后蛋白包括 BSA,IgG,lysozyme 等纯度较高的蛋白。
(五)脉冲场凝胶电泳系统
应用范围:广泛应用于很多菌种的分子流行病学研究。能够用于分析菌株之间的相天性,协助追踪感染来源,在疫情控制方面可发挥重要的作用。
(六)核酸凝胶成像系统
应用范围:用于电泳产物的成像分析,可对不同染料的电泳产物进行分析成像,同时具有泳道分析,DNA分子量计算、但一条待分析Dot-blot电泳分析、菌落计数等功能。列入Bio-RadEZ凝胶成像系统、ChemiDocXRS+凝胶成像系统、GeldocXR+凝胶成像系统等。
(七)全自动核酸提取胸
应用范围:采用全自动磁性分离方法对样本中病原体核酸进行分离、纯化,可直接用手PCR检测。
(八)罗氏 454 高通量测序平台
应用范围:用于基因组deovo测序、转录组deovo测试、宏基因组测序、重测序等。

5. PCR实验室的都需要什么设备

PCR实验室都需要的设备有很多,但是pcr外包的话,就不需要设备了啊

6. 检测荧光素酶报告基因发出荧光的都有什么仪器

luminex,
荧光分光光度仪,荧光凝胶成像仪,液闪仪
,荧光酶标仪,荧光显微镜
都很贵。推荐荧光酶标仪和荧光显微镜。
luminex是液体芯片测定,同时检测30个目的蛋白,定量,灵敏。
荧光分光光度仪用途比较局限,不方便。
荧光凝胶成像仪的对象是凝胶
液闪仪和luminex很像,但是只能检测一个蛋白或靶标
荧光酶标仪就是酶标仪,但是可以检测荧光信号,同时可以测定至少96个样品的单一靶标
荧光显微镜不能定量,但非常直观,可以看到是那些细胞发光,以及发光的部位。而且可以同时看到1-3种荧光,价格比前者低些。

7. 磁珠法提取基因组DNA需用哪些仪器试剂

(a) 微量移液器,吸头,磁架,磁枪,柱芯磁盘,1.5ml离心管(EP管),电泳槽,凝胶盒,60V直流电泳,紫外线灯箱,试管架,烧杯,6孔塑料点滴板。
(b) 细胞裂解液,磁珠悬液,洗涤液,洗脱液,电泳缓冲液母液,电泳指示液,荧光染料液。 河南惠尔纳米科技生物DNA事业部

8. 什么是生物分析仪器包括哪些仪器

生物仪器的范畴很大.要看你是哪个方向了.
比如说分子生物学.常用到的仪器有:样品提取类:核酸抽提,离心机.
基因扩增类:PCR仪
检测类:凝胶成像,电泳仪,酶标仪,分光光度计等等
然后还有操作台:生物安全柜
还有一些辅助仪器:天平、PH计,灭菌器,移液器
还要样品保存类:冻干机,超低温冰箱
还有一些组织培养类的:二氧化碳培养箱,厌氧培养箱等等

9. 人类基因组计划 用了哪些测序仪

各国合作完成的基因组计划,绝大多数是ABI377这种平板式凝胶测序仪完成的,少量是使用ABI3700这类毛细管自动测序仪完成。
私人公司做的那个基因组计划主要是ABI3700。

10. 基因探针的探针标记

探针是能与特异靶分子反应并带有供反应后检测的合适标记物的分子。利用核苷酸碱基顺序互补的原理,用特异的基因探针即识别特异碱基序列的有标记的一段单链DNA(或RNA)分子,与被测定的靶序列互补,以检测被测靶序列的技术叫核酸探针技术。探针制备就是将目的基因进行标记。特异性探针有三种形式——cDNA、RNA、寡核苷酸。cDNA和寡核苷酸是目前最常采用的探针。RNA探针用途很广,也容易获得,但其不稳定性限制了其商业用途。cDNA探针的获得是,将特定的基因片段装载到质粒或噬菌体中,经过扩增、酶切、纯化等复杂的步骤,才能得到一定长度的cDNA探针。这一过程比较复杂,有相应条件的实验室才能做到。寡核苷酸探针是在已知基因序列的情况下,由核酸合成仪来完成,可廉价获得大量的此类探针。质量也相对来说更为稳定。由于cDNA探针长度通常为数百至数千个碱基,所以有良好的信号放大作用,但其渗透性比较差。寡核苷酸探针一般为十数个至数十个碱基,渗透性强,但信号放大作用则较差,合成的多相寡核苷酸探针,敏感性可以达到cDNA探针水平。
探针的标记方式有放射性标记和非放射性标记。标记物质有放射性元素(如32P等)和非放射性物质(如生物素、地高辛等)。32P是最常用的核苷酸标记同位素,被标记的dNTP本身就带有磷酸基团,便于标记。特点是比活性高,可达9000Ci/mmol;发射的β射线能量高。用它标记的探针自显影时间短,灵敏度高。32P的半寿期短,虽使用不方便,但为废弃物的处理减轻了压力。非放射性标记法有酶标法和化学物标记法。酶标方法与免疫测定ELISA方法相似,只是被标记的核酸代替了被标记的抗体,事实上被标记的抗体也称为探针,现有许多商品是生物素、地高辛标记的。血凝素与生物素有非常高的亲和性,当血凝素标记上过氧化物酶或碱性磷酸酶,经杂交反应最终形成探针-生物素-血凝素酶复合物(ABC法),酶催化底物显色,观察结果。ABC法底物显色生成不溶物,以便观测结果。酶标记法复杂、重复性差,成本高,但便于运输、保存,灵敏度与放射物标记法相当。 ①缺口平移标记法。利用的是DNA聚合酶I能修复DNA链的功能。该法先由DNaseI在DNA双链上随机切出切口,然后DNA聚合酶I沿缺口水解5´端核苷酸,同时在3´端修复加入被标记核苷酸,切口平行推移。缺口平移法快速、简便、成本相对较低、比活性相对较高、标记均匀,多用于大分子DNA标记,(>1000bp最好),但单链DNA、RNA不能用该法标记。
②随机引物法。随机引物是指含有各种可能排列顺序的寡聚核苷酸片断的混合物,因此它可以与任意核苷酸序列杂交,起到聚合酶反应的引物作用。将待标记的DNA探针片断变性后与随机引物一起杂交,然后以此杂交的寡聚核苷酸为引物,在大肠杆菌DNA聚合酶I大断段(KlenowFragment)催化下,合成与探针DNA互补的DNA链,当在反应体系中含有a-32P-dNTP时,即形成放射性同位素标记的DNA探针。具有上述优点,可代替缺口平移法。此外大小、单双DNA均可标记,标记均匀,标记率高,但也不能标记环状DNA。随机引物法标记探针一般长400~600bp。
③末端标记法(又叫尾标)。利用末端转移酶可进行“尾标”,尾标适用于寡核苷酸探针标记,寡核苷酸探针多用于核酸“点”突变的检测,该探针可用核酸合成仪人工合成,克隆出的探针一般较长,特异性好,标记量大,杂交的检出信号强。 1、4—6微米切片,用防脱片胶(多聚赖氨酸)处理过的玻片贴附
2、56—60℃烤片2—16h
3、新鲜二甲苯脱蜡,10minX2(趁热脱蜡)
4、100%乙醇5minX2次,不用浸水,直接空气干燥
5、加入50μl蛋白酶K工作液(蛋白酶K用蒸馏水稀释,浓度为25μg/ml),37℃消化10—15min
6、弃去蛋白酶K工作液,0.1MTBS洗涤3minX3次逐级酒精脱水(85%,95%,100%酒精)1minX3次然后空气干燥
7、加入20μl探针,加盖薄膜。(探针用预杂交液稀释,浓度为5μg/ml)。
8、95℃变性10—12min;立刻置于冰块上,防止复性。
9、37℃杂交16—20h
10、揭去薄膜,每张切片加入以下杂交后洗涤液:
>用2—3滴2XSSC37℃洗涤3minX2次;
>0.5XSSC37℃洗涤3minX2次;
>0.2XSSC37℃洗涤3minX2次;
11、0.1MPBS/TBS缓冲液洗涤,1minX3次
12、滴加小鼠抗地高辛生物素标记的抗体工作液,37℃孵育45—60min;
13、0.1MPBS浸洗,5minX3次
14、滴加高敏碱性磷酸酶链亲和素复合物工作液,37℃孵育45—60min。
15、0.1MPBS浸洗,5minX3次
16、滴加NBT/BCIP显色6—16h,
17、双蒸水终止反应(37℃10min—2h),双蒸水浸洗,5minX2次
18、滴加核固红,30秒—5min;
19、双蒸水浸洗,5minX3次
20、脱水、透明、封片

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与拍基因组检测胶的仪器叫什么相关的资料

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