rna测序需要什么仪器

Ⅰ RNA-seq的实验流程

样品提取总RNA后，对于真核生物，用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA，对于原核生物，用试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段，再以片断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物(random hexamers)合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二链，经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加 EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作，构建好的文库用Illumina HiSeq2000进行测序。

Ⅱ 分子生物学实验室需要哪些仪器

请教高人：一个最小最小的、只作DNA提取和扩增的分子生物学实验室需要什么仪器？？？请列明仪器名称、推荐型号和大概价格。

如果量很小的话，可以这样
PCR仪一台 用作扩增
高速离心机一台（可达12000rpm即可）
电泳仪一台
可以跑PAGE和琼脂糖的槽
紫外观测仪器 看胶
超净工作台，接菌用
大摇床 培养菌用
脱色摇床 如果需要染胶的话用
细菌培养箱 细菌生长需要恒温
水浴锅或电热板 很有用，呵呵
然后就是移液器一套3-4支，枪头1000ul、200ul、20ul若干
最好还有灭菌锅，枪头需要灭菌使用才准确。
还有可以-20度的冰箱，保存DNA，一般菌种保存也差不多，有条件可以上-70度冰箱。
电子精密天平 称药品，配培养基等
微波炉 用来制胶很方便的。
凝胶成像系统 扫胶用，可以将胶图保存为图像文件存档。

暂时就想这么多，我们实验室大致就这样。价钱不清楚，可以找生物公司去要他们的单子，多要几家的，选择对比下再买。
祝你成功

Ⅲ 一代测序技术包括哪些

包括Sanger测序，STR亲子鉴定、法医鉴定，SnaPshot测序技术，实时荧光定量PCR。

上个世纪末90年代，与“曼哈顿原子弹计划”和“阿波罗登月计划”具有同样划时代意义的“人类基因组计划”启动，这是人类第一次在分子水平上全面地认识自我。随着人类基因组计划的开展，人们对基因与疾病的关系认识更加深入，有机会通过对基因缺陷的检测分析来判断各种疾病发生的风险，并由此衍生出一种新的健康服务项目—基因测序。
Sanger测序经过38年的发展已相当完善，成本也降低了10倍以上，现在国际上仍然是基因测序行业的金标准和主力军。sanger测序是目前所有基因测序的国际金标准，是包括荧光定量PCRTaqman探针法、普通PCR法、芯片法、二代测序法、质谱法等方法的金标准。
2010年以来，出现了很多新一代测序仪产品，新一代测序成本低、数据大、速度快，但都有待成熟，准确度不够高。
（一）、Sanger测序
被检测的DNA碱基顺序依次读出800bp以上，是一代所有测序和新一代所有测序的金标准。代表仪器美国ABI3730XL，Sanger测序一般医院很少开展，开展的都发公司做。耗时长达 13年之久的人类基因组计划也是依靠Sanger测序法才得以最终完成的。Sanger 测序是针对已知致病基因的突变位点设计引物，进行PCR 扩增直接测序。单个突变点的扩增（包括该位点在内的外显子部分片段的扩增），不必将该点所在基因的全部外显子都扩增。所以单基因或部分基因控制的疾病样本检测，Sanger 测序可以发挥精准和成本低的优势。
（二）、STR亲子鉴定、法医鉴定
通过测定DNA片段的长度和颜色，来确定遗传关系。是sanger测序技术基础上，发展起来的一个技术，所用仪器与sanger测序所用仪器一样，检测原理一样，一台设备装两套检测软件，一台仪器具有三个功能。代表仪器美国ABI 3130、3130XL、3730仪器，一般司法机构和sanger测序公司拥有该仪器，医院没有。
亲子鉴定就是通过对DNA遗传片段检测，判定父母与子女之间的亲缘关系。
（三）、SnaPshot测序技术
SNaPshot技术是美国应用生物公司（ABI）开发，是荧光标记单碱基延伸的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP突变分型项目检测。通常用于10~30个SNP突变位点分析。是sanger测序技术基础上，发展起来的一个技术，和sanger测序仪器一样，检测原理一样，一台设备装有两套检测软件，一台仪器具有三个功能。代表仪器美国ABI3130、3130XL、3730仪器，一般sanger测序公司拥该有仪器。
优势：1、分型准确，2、通量高，3、检测速度快，4、不受SNP位点多态性特性限制，5、不受样本个数限制。SNaPshot技术是新一代测序技术（包括二代测序和芯片测序）SNP突变检测的金标准，sanger测序技术又是SNaPshot技术突变检测的金标准。
（四）、实时荧光定量PCR
利用荧光信号积累实时监测整个PCR过程，最后通过标准曲线（或者与内参对照）对未知模板进行定量分析。代表仪器美国ABI 7500荧光定量PCR仪等，一般三甲医院都有该类仪器，普及较好。使用方便维护简单。1、突变寻找：定量PCR TaqMan探针杂交。2、基因定量：相对荧光定量PCR，医学上用来检测细菌或病毒RNA的表达量。荧光定量PCR是1996 年由美国ABI 公司推出的一种新定量实验技术。
实时荧光定量PCR应用领域：临床疾病诊断：各型肝炎、艾滋病、禽流感、结核、性病等传染病诊断和疗效评价，地中海贫血、血友病、性别发育异常、智力低下综合症、胎儿畸形等优生优育检测，肿瘤标志物及瘤基因测序，遗传基因测序。

Ⅳ PCR实验室主要仪器设备和耗材清单

PCR实验室可分为样品制备、核酸扩散、产物分析3大区域，每个区域所用的设备不同，下面就给大家详细介绍一下PCR实验室每个区域都需要什么设备？

样品制备区：

生物安全柜 ：防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散

样本低温冰箱：零下20摄氏度，-80℃ 保存样本及DNA

高速台式冷冻离心机：收集微生物菌体、细胞碎片以及其他沉淀物。 有些样品由于在常温下不太稳定，需要低温环境

水浴锅或者金属浴：用于DNA杂交过程中水浴控温

移液器：准确量取特定体积溶液

紫外灯或者消毒车：空间环境消毒

混匀仪：移取样本前需要混匀

超净工作台：涉及对细菌的操作均需在超净工作台下完成

低温摇床：用于大肠杆菌和酵母菌的振荡培养

磁力搅拌器：加速溶解固体内容物

核酸扩散区：

基因扩增仪：基因检测DNA/RNA扩增

荧光定量PCR仪：核酸定量分析

核酸提取仪：样品DNA/RNA提取

移液器：准确量取特定体积溶液

紫外灯或者消毒车：空间环境消毒

超净工作台：涉及对细菌的操作均需在超净工作台下完成

纯水装置：用于PCR,DNA测序需要超纯水

产物分析区：

电泳仪：水平电泳用于核酸DNA/RNA检测，垂直电泳用于蛋白检测，转印电泳用于将蛋白转移到膜上做weatern检测

凝胶成像系统/紫外检测仪：用于核酸琼脂电泳和蛋白聚丙酰胺的观察和拍照；紫外分析仪用于染色后核酸琼脂电泳胶观察，不能连接电脑

电炉：电泳琼脂凝胶加热融化

Ⅳ 常规转录组测序和数字基因表达谱测序（RNA-seq）有什么不同初接触，很多不懂。。

基本目的是类似的。不同之处在于测序的模板序列，前者是直接随机测序cDNA库，后者是先把模板按照一定方法打断（例如酶切或其他），只从打断位置开始测序，测序片段短，但相应深度更高。
如果你已经有参考基因组，使用所谓“表达谱”测序是可以的。此外，表达谱方法更便宜，但个人觉得适用性不如转录组广泛，可做的分析有限。

Ⅵ RNA的测序原理及方法！^~^

DNA和RNA的测序方法

DNA或RNA碱基序列测定方法，包括步骤：
1）将DNA或RNA单链固定于平面支持物上；
2）将一束激光聚焦于一条固定化的单链上；
3）通过加入含有（i）用于合成DNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶四种核苷酸的混合物或用于合成RNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶四种核苷酸的混合物和（ii）一种聚合酶的溶液，用来产生上述被固定的、被聚焦的单链的DNA或RNA互补链，插入到互补链中的每一个被发光标记物标记了的核苷酸用单分子检测器进行检测，以及在下一个被发光标记物标记的核苷酸插入之前对前一个被发光标记物标记的核苷酸的发光信号进行检测。

Ⅶ 病毒的RNA测序是怎么测出来的

先提取病毒RNA，然后RNA反转录为双链cDNA,后面就是常规高通量测序的流程了，加接头建库上机测序，就可以知道cDNA序列信息，最后反推为RNA序列，就得到病毒RNA序列信息

Ⅷ small RNA测序的详细内容

Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA转录组测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。
Roche GS FLX Titanium 、Illumina Solexa GA IIx和AB SOLID 4均可以对Small RNA进行大规模测序分析， Illumina Solexa GA IIx 和ABI Solid的读长正好配合了small RNA的短序列且通量大，可以得到更高的覆盖率， Illumina Solexa GA IIx在small RNA测序中广泛应用。
通过对Small RNA大规模测序分析，可以从中获得物种全基因组水平的Small RNA图谱，实现包括新Small RNA分子的挖掘，其作用靶基因的预测和鉴定、样品间差异表达分析、Small RNA聚类和表达谱分析等科学应用。
一、small RNA测序样品要求
(1) 样品纯度要求： OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5。
(2) 样品浓度： total RNA浓度不低于750 ng/μg；提取总RNA时请不要使用过柱法提取总RNA，样品总量不低于40 μg (Small RNA: total RNA大于0.3%)。或提供浓度大于2 ng/μg，总量大于180 ng的Small RNA样品。
(3) Small RNA样品请置于-20℃保存；请提供Small RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。
(4) 样品运输：样品请置于1.5 ml管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm封口。建议使用干冰运输，并且尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
二、Small RNA分离的方法
现行的RNA纯化方法包括有机溶剂抽提+乙醇沉淀，或者是采用更加方便快捷的硅胶膜离心柱的方法来纯化RNA。由于硅胶膜离心柱通常只富集较大分子的RNA(200 nt以上)，Small RNA往往被淘汰掉，因而不适用于Small RNA的分离纯化。有机溶剂抽提能够较好的保留Small RNA，但是后继的沉淀步骤比较费时费力。目前还有另外一些Small RNA分离专用的试剂盒。如MirVana miRNA Isolation Kit是采用玻璃纤维滤膜离心柱(glass fiber filter，GFF)，既能够富集10 mer以上的RNA分子，又兼备离心柱快速离心纯化的特点。
对于Small RNA测序，我们采用PAGE胶电泳对小RNA进行分离。客户可以选择他们感兴趣的Small RNA长度进行研究。Small RNA的长度为18-30nt。我们推荐的测序长度为35bp，之后对序列信息进行修剪，去除接头序列仅留下Small RNA序列。
三、Small RNA测序文库的构建方法及质量控制
由于Solexa的读长足够满足Small RNA测序的读长要求，且数据读取量大，性价比高，因此Solexa在Small RNA测序方面得到广泛的应用。采用Solexa进行Small RNA测序其文库构建方法如下：
(1) PAGE胶纯化特定大小的小RNA分子；
(2) 5′接头连接和纯化；
(3) 3′接头连接纯化；
(4) RT-PCR扩增；
(5) Small RNA文库的纯化；
(6) 文库的检测。Small RNA文库需要通过电泳检测和Agilent Technoligies 2100 分析仪检测以分析测序文库中片段的大小、纯度和浓度。
四、高通量测序研究sRNA 优势
目前研究Small RNA的方法主要是通过实时定量PCR以及基因芯片技术，这些方法主要关注microRNA的表达和定量，并仅局限与研究那些序列信息或二级茎环结构信息已知的Small RNA，无法寻找和发现新的Small RNA分子。基于高通量测序技术的Small RNA测序技术突破了目前研究技术手段上的局限性，使研究人员能够直接对样本中的Small RNA进行高通量测序，其主要优势有：
(1) 可以直接从核苷酸水平上研究Small RNA分子，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题，非常利于区分相同家族以及序列极为相似的不同Small RNA分子；
(2) 可以对任意物种进行高通量分析，无需任何预先的序列信息以及二级结构信息【中国测序论坛】；
(3) 灵敏度高，测序通量大，为Small RNA分子的发现和研究提供了极大的数据深度与覆盖率，能够检测丰度极低的稀有转录；
(4) 测序产生的原始数据可以与多种分析软件兼容，可以注释Small RNA的基因组信息，并分析其表达水平，能够随时使用公用Small RNA数据库注释已知的Small RNA，还可以进一步分析未匹配的数据，发现新的Small RNA种类及异构体，寻找更深入的研究信息。
五、Small RNA测序的影响因素
(1) 客户提供样本的质量，进行Small RNA测序过程中，需要对Small RNA进行分离，分离Small RNA的质量和纯度直接影响测序结果。由于RNA容易降解，因此RNA的抽提、纯化等操作一定要严格按照实验要求进行，以保证样品的质量。
(2) 构建文库的质量：文库构建需要PAGE胶分离纯化Small RNA，然后连接接头进行纯化后才能进行RT-PCR，在此过程中，要小心操作保证Small RNA无降解，同时纯化过程要保证接头去除干净，残余的接头会对后续的测序产生影响。
(3) 测序文库的上样量控制：这个因素也会很大程度影响簇生成的密度，由于上样量非常小，只有1-8 pg，所以能否准确定量微量样品也成为影响测序通量的重要因素。